2010/09/06

Bioconductor には S4 で書かれたコードがどのぐらいあるのか

「シリーズ: 良質なR package のコードを読むよ」の第3回目です。

前回までのあらずじ


前回は BioC のコードを得る方法について書きました。

第2回: Bioconductor のソースコードを得る
第1回: Bioconductor のパッケージについて知る

なにをするか?


どのパッケージを読むのか決めます。S4のパッケージを読みたいのでそれを探します。

S4パッケージを探す


S4 なのでソースコードに setClass があるはず。package/R/*.R のなかに setClass が出てくるコードを探します。
[code]
grep setClass */R/*.R |ruby -lane 'puts $_.split(/\//)[0]' |sort -u|less -S
ACME
AffyCompatible
AnnBuilder
AnnotationDbi
ArrayTools
BCRANK
BSgenome
BioMVCClass
Biobase
Biostrings
BiostringsCinterfaceDemo
BufferedMatrix
CALIB
CAMERA
CGHbase
CGHcall
CNTools
Category
ChIPseqR
ChromHeatMap
DEGseq
DESeq
DFP
DNAcopy
DynDoc
EBImage
EBarrays
GEOquery
GGBase
GGtools
GOstats
GSEABase
GeneAnswers
GeneRegionScan
GeneSpring
GeneTraffic
GeneticsBase
GenomeGraphs
GenomicFeatures
GenomicRanges
Genominator
HTqPCR
IRanges
KCsmart
KEGGgraph
LiquidAssociation
MEDME
MLInterfaces
MVCClass
MassArray
MergeMaid
MotIV
PAnnBuilder
PCpheno
PGSEA
PICS
PatientGeneSets
RMAGEML
ROC
RPA
RTCA
RTools4TB
RWebServices
Ratlpow
ReadMatcher
Rgraphviz
Ringo
Rmagpie
RmiR
Rolexa
RpsiXML
Rredland
Rrsat
Rsamtools
Rswub
Rtreemix
Ruuid
SAGx
SLGI
SMAP
SNPchip
SSPA
SamSPECTRAL
ScISI
ShortRead
SpeCond
TargetSearch
XDE
affy
affyILM
affyMvout
affyPLM
affyPara
altcdfenvs
annaffy
annotate
arrayMvout
attract
baySeq
beadarray
beadarraySNP
biocSurvey
biocViews
biomaRt
caFlowQ
cellHTS2
cghMCR
clippda
clusterStab
codelink
cosmo
crlmm
ddCt
domainsignatures
dualKS
edd
edgeR
eisa
eqtlTools
exonmap
externalVector
fabia
flagme
flowClust
flowCore
flowFP
flowFlowJo
flowMeans
flowMerge
flowNorm
flowQ
flowStats
flowUtils
genArise
genefilter
genomeIntervals
girafe
globaltest
graph
hexbin
hopach
hyperdraw
hypergraph
idiogram
imageHTS
limma
lumi
maDB
maigesPack
makecdfenv
marray
metahdep
methylumi
miRNApath
multtest
ncdfExts
oligoClasses
ontoTools
pathRender
pcaMethods
pdInfoBuilder
pgUtils
pint
plateCore
prada
puma
qpcrNorm
rGADEM
rMAT
rdxml
rfcprim
rflowcyt
rnaSeqTests
rsbml
rtracklayer
safe
segmentSeq
seqLogo
siggenes
simpleaffy
smoothMiner
snapCGH
snpMatrix
spkTools
splicegear
stepNorm
tigre
tilingArray
timecourse
tkWidgets
topGO
vsn
widgetTools
xcms
xmapbridge
xps
yaqcaffy
[/code]

ちなみに、すべてのパッケージ 434 個のうち、197 個が S4 で書かれているようです。このうちのどれかを読んでいきます。

続きます。いいかげんコード読めw