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Vagrant を使って Bioconductor Devel の解析・開発環境をAWSに構築する

環境はOS Xです。

1. vagrant を dmg ダウンロードし、インストールする。
簡単。
http://www.vagrantup.com/

2. vargrant をセットアップする
aws にプロビジョニングできるプラグインをインストールする。
$ vagrant plugin install vagrant-aws

AMIを起動するとは言え、ダミーの仮想マシンが必要。ちょっとわかりにくい。
$ vagrant box add dummy https://github.com/mitchellh/vagrant-aws/raw/master/dummy.box

3. Vagrantfile を作る
Bioconductor 公式のBioC-Devel入りの AMI を利用する。リージョンはバージニアだけ。知る必要はないがアカウント名は root です。

まず適当なディレクトリを作る。
$ mkdir bioc-devel
$ cd bioc-devel

初期化する。
$ vagrant init

Vargrantfile にいろいろ書く。
$ jed Vargrantfile
# -*- mode: ruby -*-
# vi: set ft=ruby :

require 'yaml'
require 'pp'

aws_conf = YAML.load_file('./.aws.yaml')
# pp aws_conf

VAGRANTFILE_API_VERSION = "2"
Vagrant.configure(VAGRANTFILE_API_VERSION) do |config|
  config.vm.box = "dummy"

  config.vm.provider :aws do |aws, override|
    aws.access_key_id        = aws_conf['access_key_id']
    aws.secret_access_key    = aws_conf['secret_access_key']
    aws.keypair_name         = aws_conf['keypair_name']

 …