1行感想付きで。 CSAR, Statistical tools for the analysis of ChIP-seq data いわゆる peak caller で正規化・サンプル間比較などもできる。有意差はFDRで。C++ http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CSAR.html chipseq: A package for analyzing chipseq data 名前まんま。chipseq 解析のツールを作るときに使えそうなツール。複数行の操作や、coverage, depth 計算など。解析そのものの機能はない。もちろん peak calling や binding site 同定の機能はない。MAQなどのデータを ShartRead, IRanges などで操作するためのフロントエンドっぽいイメージ。 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/chipseq.html ChIPseqR: Identifying Protein Binding Sites in High-Throughput Sequencing Data MNase digest した nucleosome の ChIP-seq 向けの binding site 同定。いつかの診断プロットも書ける。 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPseqR.html ChIPpeakAnno: Batch annotation of the peaks identified from either ChIP-seq or ChIP-chip experiments. peak の操作ができる。遺伝子への assignment や GO enrichment, データ間比較などが計算できる。BED, GFF から IRanges にインポートする。 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPpeakAnno.html rGA