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10月, 2011の投稿を表示しています

R + Bioconductor にある ChIP-seq 関連のライブラリ

1行感想付きで。
CSAR, Statistical tools for the analysis of ChIP-seq data いわゆる peak caller で正規化・サンプル間比較などもできる。有意差はFDRで。C++ http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CSAR.html
chipseq: A package for analyzing chipseq data 名前まんま。chipseq 解析のツールを作るときに使えそうなツール。複数行の操作や、coverage, depth 計算など。解析そのものの機能はない。もちろん peak calling や binding site 同定の機能はない。MAQなどのデータを ShartRead, IRanges などで操作するためのフロントエンドっぽいイメージ。 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/chipseq.html
ChIPseqR: Identifying Protein Binding Sites in High-Throughput Sequencing Data MNase digest した nucleosome の ChIP-seq 向けの binding site 同定。いつかの診断プロットも書ける。 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPseqR.html
ChIPpeakAnno: Batch annotation of the peaks identified from either ChIP-seq or ChIP-chip experiments. peak の操作ができる。遺伝子への assignment や GO enrichment, データ間比較などが計算できる。BED, GFF から IRanges にインポートする。 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPpeakAnno.html
rGADEM: de novo motif discovery spaced dyad…

きれいなディレクトリ構成でRプログラミング

Rでコーディングするときに、データや単体テストのコード、ライブラリなどのディレクトリ構成を決めておくと、なにかと便利です。毎度、ディレクトリ構成が変わると設定をコードに書かないとならなくなり、保守が面倒になりますよね。Convention over configuration です。

Rで推奨されるような綺麗なディレクトリ構成を自動生成するライブラリを発見しました (自分で作ろうと思ったのですが)。その名も ProjectTemplate です。

では、インストールします。
$ sudo R install.packages('ProjectTemplate') 使ってみます。 $ R library('ProjectTemplate') create.project('myproject') setwd('myproject') load.project() 以下のようなディレクトリ構成でプロジェクトが作成されています。 $ tree myproject/ myproject/ ├── README ├── TODO ├── cache ├── config │   └── global.dcf ├── data ├── diagnostics │   └── 1.R ├── doc ├── graphs ├── lib │   └── helpers.R ├── logs ├── munge │   └── 01-A.R ├── profiling │   └── 1.R ├── reports ├── src └── tests └── 1.R 13 directories, 8 files ファイルやRDBMSからデータを自動ロードできるように設定したり、lib以下の関数の単体テストを生成するコマンドなどがあります。次回はなにか適当なツールを作ってみながら使い方を解説できればと思います。

公式サイトを新しいアドレスで再スタートします

個人のウェブサイトを以下のアドレスに変更しました。ブログも移動しているのでRSSの購読をされていたかたは変更して頂けると嬉しいです。

サイト: http://hackingisbelieving.org/
ブログ: http:/blog.hackingisbelieving.org/

以前は itoshi.tv というドメインを使っていましたが、tv ドメインは高いし、テレビを連想させるところがなんのもオールドファッションな感じになってきたので、もう使うことはないと思います。短くて気にいっていたのですが。また最近は僕自身を指すときのアカウントとして itoshi よりも dritoshi のほうが普及しているようですので。

新しいドメイン名は "Hacking is believing" です。これはもちろん "Seeing is believing" の改変で以前からブログ名として使っていたものです。みることではなくハックすることこそが信じることだと考えているため、昔から気にいって使っているフレーズです。hack については http://cruel.org/freeware/hack.html を参考にどうぞ。

長くて入力はしにくくなったような気がしますが、どうせ検索や Twitter や RSS からしかこないので、ドメインの短さはもう関係ないかな、と思ってこれにしてしまいました。

ちなみに、ウェブサイトは Google Apps (sites), blog は blogger を利用しています。

ウェブサイト管理も飽きた

自分の公式ウェブサイトの管理のためにサーバーを維持する若さが足りなくなってきたので、Google Apps に移行を検討中。Google Sites と Apps の違いがよくわからなくて微妙にはまったし。

Apps で独自ドメインの設定をして、blogger と Google Sites で作ったページをそれぞれ、blog, www というサブドメインにマッピングした。デザインがいまいちだがサーバ管理して、それぞれのツールを管理して、バックアップも取って、、、という手間を考えればいいか。見てくれやらに拘っている暇があれば本質的にコンテンツ充実させたほうがいいだろう。第一領域に集中する。

blogger で数式を表示するには

数式入力のテスト。TeXClip を利用してみた。TeXClipで数式を表示してURLをコピー、画像のURLに指定するだけ。

ブログツールの管理に飽きた

tDiary やら Wordpress やら使ってきたがもうブログツールを管理するのにはもう若さが足りないので、blogger に引っ越してみようかと。過去の遺産とかあるけど移行するのも面倒なのでしばらく放置するわ。WordPress で書いていた分は xml に出力すれば移行できるっぽいが、そのために落ちている WordPress を起動するのも面倒だ...

そもそも、もう blog いらなくね? G+ や fb でいいんじゃないかな? それを確かめるために再始動する。