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9月, 2009の投稿を表示しています

Google Chart API で tDiary に数式を埋めこむプラグインを作ったよ

やっつけで。Wikiスタイルを使っているひとは以下のようにすれば数式が埋めこめる。
{{google_chart "f(x)=\\int_0^{x}g(t)\\,dt"}}
{{google_chart "f(x)=\\int_0^{x}g(t)\\,dt"}}

google_chart.rb
<<<
def google_chart(tex)
tex = tex.to_s.strip
id = CGI.escapeHTML(tex)
url = "http://chart.apis.google.com/chart?cht=tx&chs=1x0&chf=bg,s,FFFFFF00&chco=000000&chl="
url << tex
%Q[]
end

>>>

参考)
#http://twitter.com/sesejun/statuses/4481642930
#http://blog.s21g.com/articles/1628

!RSBML利用編

Rで[[SBML|http://sbml.org/Main_Page]] (Systems Biology Markup Language) を読み込む方法を調べたのでメモします。RSBMLを使いDOMとして読み込みます。読み込んだDOMをRgraphvizで図示します。

SBMLは生物モデルを表現するためのXML言語で、多くのシミュレータなので採用されている言語規格です。具体的には遺伝子やタンパク質、代謝などのネットワークを表現するときに使います。ネットワーク構造と反応、反応に関するパラメータを格納することができます。

環境は MacBook Air と Mac OS X (10.5)、R 2.9.1です。

libsbmlを dmg でダウンロードしてインストールする。

http://sourceforge.net/projects/sbml/files/libsbml/3.4.1/libsbml-3.4.1-libxml2-macosx.dmg/download

RSBMLをインストールする。
<<<
sudo R
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("RSBML")
>>>

Graphviz をインストールする。

http://www.ryandesign.com/graphviz/download/Graphviz%202.12%20Revision%203%20Intel.dmg

sudo cp /usr/local/graphviz-2.12/lib/libgvc.3.dylib /usr/local/lib/

Rgraphviz を入れる。
<<<
sudo R
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("Rgraphviz")
>>>

SBMLを読み込む。まず適当なSBMLをどこかからゲットする
<<<
curl -O http://www.staff.ncl.ac.uk/d.j.wilkinson/smfsb/autoreg-2-1.xml
>…