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次世代シークエンス解析スタンダードという本を監修しました

次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY
二階堂 愛/編 定価 5,500円+税
2014年08月 発行 B5判 404ページ
ISBN 978-4-7581-0191-2

エキソームやエピゲノムや1細胞RNA-Seq など、医療現場から非モデル生物,生物資源まで各分野の現場で実際に使えるプロトコールやテクニックを集めました。論文には書いていないコツなども満載。ぜひ手に取ってみてください。感想もお待ちしております。


Vagrant を使って Bioconductor Devel の解析・開発環境をAWSに構築する

環境はOS Xです。

1. vagrant を dmg ダウンロードし、インストールする。
簡単。
http://www.vagrantup.com/

2. vargrant をセットアップする
aws にプロビジョニングできるプラグインをインストールする。
$ vagrant plugin install vagrant-aws

AMIを起動するとは言え、ダミーの仮想マシンが必要。ちょっとわかりにくい。
$ vagrant box add dummy https://github.com/mitchellh/vagrant-aws/raw/master/dummy.box

3. Vagrantfile を作る
Bioconductor 公式のBioC-Devel入りの AMI を利用する。リージョンはバージニアだけ。知る必要はないがアカウント名は root です。

まず適当なディレクトリを作る。
$ mkdir bioc-devel
$ cd bioc-devel

初期化する。
$ vagrant init

Vargrantfile にいろいろ書く。
$ jed Vargrantfile
# -*- mode: ruby -*-
# vi: set ft=ruby :

require 'yaml'
require 'pp'

aws_conf = YAML.load_file('./.aws.yaml')
# pp aws_conf

VAGRANTFILE_API_VERSION = "2"
Vagrant.configure(VAGRANTFILE_API_VERSION) do |config|
  config.vm.box = "dummy"

  config.vm.provider :aws do |aws, override|
    aws.access_key_id        = aws_conf['access_key_id']
    aws.secret_access_key    = aws_conf['secret_access_key']
    aws.keypair_name         = aws_conf['keypair_name']

 …

次世代シークエンサー現場の会 第三回研究会が無事終了しました

今年度の代表を務めた「次世代シークエンサー現場の会」が無事終了しました。

有能なスタッフや、素晴しい講演をして頂いた演者のみなさま、会を支えてくれた50に迫るスポンサー企業、そして参加者のみなさまのおかげで非常に盛り上がりました。最終的に、研究者・技術者、医療従事者、企業の方など700人が一同に介し、活発な議論をして頂けました。ありがとうございました。これから様々な事後処理がありますが、がんばっていきましょう > スタッフ来年は新しい運営体制で東京で実施する予定です。では来年!NGS現場の会: http://ngs-field.org/

DNAを増幅するサーマルサイクラーを自作してみたよ

DNAをPCR法で増幅するために必要なサーマルサイクラーを自作してみました。自作と言っても、いわゆる、PCの自作と同じでパーツを組み立てていく感じです。購入から組み立ての様子を簡単に紹介します。モチベーション ラボには様々なレクリエーションがあります。例えば、単にどこかに遊びに行ったり、スポーツ大会したり、ひたすら合宿形式でプログレスのプレゼンをするミーティングするなどがあります。それもよいのですが、せっかくなので、普段の研究時間ではトライできないが、研究に関わる hack を行う、というイベントを企画してみました。夏休みの自由研究や社会科見学的なノリです。 うちのラボでは、PCRを使ったウェットの実験技術の開発をしてきました。しかし、サーマルサイクラーのハードウェアの仕組みを体験的に理解している訳ではありません。そこで、サーマルサイクラーを作ってみました。 欧米で始まっている、自宅のガレージやキッチンでバイオロジーを行うムーブメント、バイオパンク、DIYbio を体験しておきたいというのもありますし、Arduino などオープンハードウェア、Maker のムーブメントを体験するのも目的の一つです。ハードウェア開発が思っているほどハードルが下っていることを体験できて、かつ、将来、ウェットの開発だけでなく、装置開発などもできたら、ラッキー、ぐらいの気持ちでやってみました。 購入 今回作ったのは、組み立て式で、かつ、仕様などや設計図が公開されているOpenPCRというサーマルサイクラーです。ハードウェアの仕様・設計図、制御ソフトウェアなどの情報がすべて公開されており、部品からも自作することが可能です。今回は、「設計図から部品や回路のパーツを作り、それらを組み立てる直前のもの」を購入しました。 ChaiBio https://www.chaibio.com/ OpenPCR https://www.chaibio.com/products/openpcr なぜか http://openpcr.org/ で購入できなかったので、eBay にある ChaiBio で買いました。 OpenPCR - eBay http://www.ebay.com/itm/111096418574 本体価格は $599 で、送料が $76.05 で、輸入費用が $41.55 でした。合計 $716.6 だったので、日…

Quartz-Seqで1細胞/微量RNA-Seqを始めたい方へ

はじめに 新しい高精度な1細胞RNA-Seq, Quartz-Seq論文を出してから、各方面から多く相談を受けています。
Sasagawa Y and Nikaido I, et. al. Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA-Seq reveals non-genetic gene expression heterogeneity. Genome Biology. 14. 2013 
そこで、新しく1細胞RNA-Seqを始める方へ、僕達が理想だと考えている技術導入の手順を紹介したいと思います。また我々の方法は1細胞(6-14 pg Total RNA)だけでなく pg-ng オーダーの少量RNAからシーケンスが可能です。そのような方も以下の手順が参考になると思います。 0. 1細胞/微量RNA-Seqが本当に必要なのか検討する 1細胞/微量RNA-Seqでは、現時点でQuartz-Seqが世界最高の性能を持っている訳ですが、十分なサンプルを用意し、通常のRNA-Seqしたほうが、より精度の高いデータが得られます。なので、基本的には、サンプルをたくさん集める方法をしっかり検討すべきです。まずは、戦略面と技術面で1細胞/微量RNA-Seqが本当に必要かを検討する基準について書きます。 0.1. 戦略面での検討 あなたが抱えているプロジェクトが、1細胞/微量RNA-Seqでなければアプローチできないかどうかを問い直すことが重要です。
基本的には以下の2つの状況で、1細胞/微量RNA-Seqが役に立ちます。
a. 細胞状態が連続的に変化し、さまざまな細胞状態が、細胞集団に含まれている場合 (振動現象、ゆらぎなど) b. 細胞状態を特定するマーカーがほどんどわかっていない場合
最初から細胞状態が2状態しかないことが明らかで、しかも細胞状態を代表する遺伝子が分かっている、という状況では、FACSなどで cell sorting し、目的の細胞を採取することを考えるべきです。そして、微量RNA-Seqや通常のRNA-Seqで、しっかりと biological replication を取る方が良いでしょう。微量になると、テクニカルなノイズが増えるために、生物学的な差を知るためには、n を…

ラボを立ち上げます

ひさびさのブログ更新です。明日は年度の始めで忙しそうなので、今日書いておきます。

2013/03/31をもちまして理研CDBを退職しました。4/1からは埼玉県和光市にある、理研本所の情報基盤センターにて、バイオインフォマティクス研究開発ユニットという研究室をユニットリーダーとして主宰することになりました。

DNAシーケンスのデータ解析の手法、ソフトウェア、そして実験技術の開発を中心に研究を進めつつ、理研内外の実験生物学者と共同で生命科学の問題を解いていきます。また理研のバイオインフォマティクスをどのように支え、発展させていくかを考えることも求められています。みなさまのお力をお借りすることもあるかと思いますので、これからもどうぞよろしくお願い致します。

ラボの公式ウェブサイトは以下にあります。
独立行政法人 理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット