スキップしてメイン コンテンツに移動

投稿

3月, 2010の投稿を表示しています

ブログお引越し

http://blog.itoshi.tv/ へお引っ越ししています。メインは新しいほうになります。RSS フィードは http://blog.itoshi.tv/feed/ になります。

最近、プライベートなことは twitter まかせになっていますが、その手のブログも復活させようかと思っています。tDiary は tDiary で気にいっているので、こちらでは、そういった使いかたもあるかな、と思い、こちらを更新する可能性も残していこうかと考えています。

ggplot2 は The Grammar of Graphics の実装

ggplot2 はほかの R パッケージにくらべて不思議な実装になっています。これには理論的な背景がちゃんとあります。そのあたりを勉強しながら tweet したものを集めました。

The grammar of graphics と オブジェクト指向グラフシステム

14:18 ggplot2が不自由なのでちゃんと勉強するわ... #15:13 ggplot2 は「グラフはオブジェクト指向で書けるよ」と言った Wilkinson, L.: The Grammar of Graphics の実装なのか。グラフの表現は composite pattern っぽいし、レイヤーを重ねていくところは builder っぽい。 #15:18 Grammar of Graphics では、Object oriented graph system (OOGS) を提案している。OOGSでは、グラフ作成には specification, assembly, display の3つのステージがある、とする #
15:23 グラフというのは(写真やビデオ)のような自然画像と違い、少ないルールの組み合わせから構成されている。これを指定するのが specification というステップ。 #15:26 グラフ自体がグラフの組み合わせで構成されている場合もある。グラフのコンポーネント(あるいはレイヤー)を組み立てるステップが assembly #15:27 グラフを display や画像、ビデオなどに出力するステップが display となる #15:29 ggplot2 の場合は、assembly のステップが builder pattern のようにオブジェクトを + 演算子で加えていく部分になる。display の部分は単に print() になるんだね。 #


グラフを specification するルールとは

15:33 さて、グラフにおいて、specification すべきルールってなに? って話になる。The grammar of graphics では 6つの statement から構成される、としている。 #15:33 ここでミーティングの時間になってしまったので続きはあとで... #19:26 ミーティングおわた #19:36 specification の 6つの state…

R + Rapache + brew + ggplot2 + RSQLite で作る遺伝子発現データベース

さて、新しいおもちゃを手に入れたら、遺伝子発現データベースを作ってみるというのは定石(主に俺の)なので、作ってみました。

SQLite に発現データをつっこんだデータを RSQLite で取り出して、ggplot2 でプロットし、brew でHTMLを出力しています。

Amazon EC2 上で動作しています。ggplot2 の描写が遅いため、かなりもっさりしていますねー。Amazon EC2 Small Instance は Xeon 1.0-1.2 GHz, 1.7 GB memory 相当らしいです。ggplot2 で画像を on the fly 生成するのは現実的ではなさそうですね。plot() などを使うか、Google Chart API を使うのが現実的かもしれません。また、時間があるときに、plotrix などほかのライブラリと速度の比較をしてみたいです。

Simple Gene Expression Database (R + Rapache + Brew + RSQLite + ggplot2 on Amaozn EC2)

なんだか、Brew, Rapache のなかのひとに褒められた ...///

ちなみに、Amazon EC2 で一日 Ubuntu を動かしていると、このぐらいの料金になりました。


そのうち github にコードをアップしておきたいと思います。

参考:
Ruby on Rails + Gruffを使って、11分で作る遺伝子発現データベース
Google App EngineとChart APIを使って簡単な遺伝子発現データベースを作ってみた

Amazon EC2へドメインをひっこした

Joyent (textdrive) を解約して Amazon EC2 にすべてのコンテンツへ引っ越ししている。

wordpress の設定がだいたいできたので、ドメイン名 itoshi.tv を Amazon EC2 の elastic IP address へ割り当てた。

さらに、wordpress を blog.itoshi.tv でアクセスできるように、A Name の blog も amazon EC2 の elastic IP address に割り当て、apache2 のバーチャルドメイン機能で blog.itoshi.tv からのアクセスを wordpress へ rewrite するように設定した。

Amazon EC2 instance は reboot されると、elastic IP address が動的に変更されるが、ドメインを管理している enom.tv が提供している DNS は Dynamic DNS に対応しているので、DDNSクライアントさえ設定すれば問題ないらしい。

残るタスクは、旧ブログや Hiki などのコンテンツの移動だ。