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1月, 2008の投稿を表示しています

萌える分子生物学

とうとうここまで来たか.中身は見てないが統計関連のものは(統計の入門書として)それなりのクオリティだったので期待できるかもしれん.目次を見る限りは分子細胞生物学の基本的なところは抑えている.ゲノミクス的な部分はないけど.

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そろそろ萌えるバイオインフォも(違 先に萌えるゲノムかな?

バイオ研究者見習い生活 with ITさんの[[中学生の妹にバイオ本を送った直後にもっと良いのが発売された件|http://d.hatena.ne.jp/Hash/20080130]]より.

今年のオープンバイオ研究会@JAISTはプログラミング一発芸大会(?)をやります

毎年冬にJAISTで行ってきたオープンバイオ研究会では以下のような企画をやります.今年は3/8(土)に行います.

http://groups.yahoo.co.jp/group/bioinformatics-jp/message/3302
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第9回オープンバイオ研究会と併催になる SIG-MBI の案内を頂きましたので転送します。

JAIST での併催は4回目になります。例年オープンバイオ研究会主体の部は、
実習形式やオープンスペース形式など、実験的にいろいろと趣向を凝らしてきましたが、
今年はプログラミング大会をやってみようと考えています。

こんなの欲しかった、1時間で作ってみたけど超便利、やたらカッコイイ、笑える、
などなど、グループで仕込んできても、一人でその場で開発してもらっても構いません。

・とんでもなくかっこいいバイオ系ソフトウェア
・統合DBのキラーアプリ
・今年のエイプリルフールネタ

などなど。実用性は度外視して、とにかく面白いものを作ってアピールしてください。
��日目の夕方から発表会+表彰式を行う予定です。
「それはやりすぎで症」「見た目だけで賞」をゲットするのはあなたかもしれません!

参加希望の方は、下記メールにある登録 URL からお申し込みください。
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詳細はhttp://open-bio.jp/?meeting9で発表していきます.

「それはやりすぎで症」「見た目だけで賞」のどっちを狙うかな,やっぱりエイプリルフールネタかな.ってネタしばりか,俺.

!3. オープンアクセス

20080128追記: タイトルをちょっと変更した。ITというかプログラムが書けたりデータ解析ができる人向けという感じで書いたつもりだったのですがITとどっちがオープン化的な捉え方をされた方もいたようなので。タイトルがそうだから誤解させてしまったようです。

[[研究とかをオープンにすること|http://d.hatena.ne.jp/syou6162/20080124/1201106105]]で引用されたの詳細を書いてみた.
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こんなこと考えてたらバイオはオープンな感じだよ、って教えてもらったのを思いだす
* そしたら「オープンアクセス」っていうのを教えてもらった
o Open Access Japan | オープンアクセスジャパン
o 急増する「オープンアクセス」方式の学術誌 | WIRED VISION
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バイオ研究のどのへんがオープン化を紹介しますよ.バイオ研究がオープンな理由を3つに分けて説明します.

ただし,そもそもオープンバイオ研究会などを主催しているだけあってバイアスがあったり,異分野のひとにわかるようにover simplifyしていたり,良い面だけ書いているところがあることも注意してください(倫理面や実験の難しさなどの問題).

バイオ,特にゲノミクスと呼ばれている分野で使われているプログラムは多くがオープンソースです.今はどうかわかりませんが,PerlモジュールのレポジトリCPANでもっとも巨大なモジュールであるBioPerlなどはその例のひとつです.GD.pmやCGI.pmなんかもゲノムデータを表示するために作られたものです.また統計解析パッケージのRの中のひと[[http://gentleman.fhcrc.org/|http://gentleman.fhcrc.org/]]もバイオの人が中心です.

いわゆるヒトゲノム計画の成果であるヒトゲノム配列を公開するサイトである[[Ensembl|http://www.ensembl.org/]]はこのサイトのデータとソースコードがすべて公開されています.ちなみにPerl + JavaScriptが中心ですね.

バイオでは遺伝子などのDNA配列(いわゆるATGC)は基本的に公開しなければ論文を通すことができません.国際塩基配列データベースというところにデータを公開しなければなら…