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2月, 2010の投稿を表示しています

Hello world!

ブログの引越し準備を検討中。試しに Amazon EC2 に Wordpress をインストールしてみている。
テーマいじったり、WP LaTeX plugin とか、SyntaxHighlighter を入れたり。

[latex]e^{\i \pi} + 1 = 0[/latex]

or $latex e^{\i \pi} + 1 = 0$ syntax.

Rapache (mod_r) を使って R で CGI を書くよ。テンプレートエンジンBrew編

前回は寧n、いえ、なんでもないです、前回のコードでは、cat() を使ってがんばってHTMLタグを出力していました。これは気持ち悪いです。RのコードとHTMLのコードを分けておかないと、どちらかに変更があった場合に、お互いの影響に配慮しながら修正をしなければならなくなります。これは面倒ですね。

こんなときは、テンプレートエンジンを使って、HTMLを作る部分とRのコードをなるべく分けるのが良いですね。R にも Ruby でいうところの erb のようなテンプレートエンジンがあります。今回は、brew というテンプレートフレームワークを使います。

brewのインストールと設定
まず brew をインストールします

sudo R
install.pakcages("brew")
q()


次に apache の設定をします。

sudo mkdir /var/www/brew
sudo jed /etc/apache2/sites-available/default


RHandler に brew を設定します。
[html]
# brew
<Directory /var/www/brew>
#SetHandler r-handler
SetHandler r-script
RHandler brew::brew
</Directory>
[/html]

brew で実装し仕直す
前回のコードを brew を使って書き直してみます。まずメインのコードです。

cd /var/www/brew
sudo jed index.r


ほぼHTMLですね。プロット部分を別なファイル hist.r に追い出しています。brew() でこれを読み込みます。

[html]
<% setContentType('text/html') %>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">;
<html>
<he…

Rapacheを使ってRでCGI を書くよ。グラフ画像出力編

前回のつづきです。前回は rapache の設定と簡単なCGIを作ってみました。今度は画像を出力して表示する CGI を作ります。内容は、乱数を適当に作ってヒストグラムを作画するCGIです。画像はランダムなファイル名で保存します。

[html]
# Functions
header <- function(contenttype) {
setContentType(contenttype)
}
html.head <- function(content) {
cat("<head>\n")
cat(content)
cat("</head>\n")
}
html.body <- function(content) {
cat("<body>\n")
cat(content)
cat("</body></html>\n")
}
randomFileName <- function(prefix, postfix) {
filename <- paste(
prefix,�������������…

Rapache (mod_r) を使って R で CGI を書くよ。グラフ画像出力編

前回のつづきです。前回は rapache の設定と簡単なCGIを作ってみました。今度は画像を出力して表示する CGI を作ります。内容は、乱数を適当に作ってヒストグラムを作画するCGIです。画像はランダムなファイル名で保存します。

<<<
# Functions
header <- function(contenttype) {
setContentType(contenttype)
}
html.head <- function(content) {
cat("\n")
cat(content)
cat("\n")
}
html.body <- function(content) {
cat("\n")
cat(content)
cat("\n")
}
randomFileName <- function(prefix, postfix) {
filename <- paste(
prefix,
sprintf("%08d", as.integer(runif(1, 0, 10^7))),
postfix,
sep=""
)
return(filename)
}

# Main
image_dir <- "/var/www/images"
filename <- randomFileName("hist_", ".png")
filepath <- paste(image_dir, filename, sep="/")

data <- rnorm(1000)

# output html
header("text/html")
html.head("Test")

png(filepath)
hist(data)
dev.off()

html.body(
paste(
'',
sep=""
)
)
>>>

リロードすると画像が変わるのがわかると思います。次回はもっと役に立つものを作ってみます。



寧々さんかわいいです。

! brewのインストールと設定

前回は寧n、いえ、なんでもないです、前回のコードでは、cat() を使ってがんばってHTMLタグを出力していました。これは気持ち悪いです。RのコードとHTMLのコードを分けておかないと、どちらかに変更があった場合に、お互いの影響に配慮しながら修正をしなければならなくなります。これは面倒ですね。

こんなときは、テンプレートエンジンを使って、HTMLを作る部分とRのコードをなるべく分けるのが良いですね。R にも Ruby でいうところの erb のようなテンプレートエンジンがあります。今回は、[[brew|http://cran.r-project.org/web/packages/brew/index.html]] というテンプレートフレームワークを使います。

まず brew をインストールします
<<<
sudo R
install.pakcages("brew")
q()
>>>

次に apache の設定をします。
<<<
sudo mkdir /var/www/brew
sudo jed /etc/apache2/sites-available/default
>>>
RHandler に brew を設定します。
<<<
# brew

#SetHandler r-handler
SetHandler r-script
RHandler brew::brew

>>>

前回のコードを brew を使って書き直してみます。まずメインのコードです。
<<<
cd /var/www/brew
sudo jed index.r
>>>
ほぼHTMLですね。プロット部分を別なファイル hist.r に追い出しています。brew() でこれを読み込みます。
<<<
<% setContentType('text/html') %>
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">;

Test


<% brew('/var/www/brew/hist.r') %>


>>>

プロットを描画する…

Rapache (mod_r) を使って R で CGI を書くよ。Hello, World編

みなさん、こんばとらー。仕事で遺伝子発現データベースを作っているのですが、表示するグラフが Pixiv が保有する全イラスト数である490万枚 (2009/06発表) を越えてしまいました、やりました!(なにが? 所内の内部向けなので、PVが数百ですがw むこうは2億PV。

画像を吐くために Sun Grid Engine で PC クラスタをぶんまわしたりしています、頭わるいですね。数値データをグラフにするだけなので、WWWサーバで on the fly でグラフを描画すべきなのですが、サーバが Celeron, メモリ 800MB というという有様だったので躊躇していました。今回は新しいサーバに引っ越したので、R で on the fly 描画にトライしたいと思います。

まずは mod_R, いわゆる rapacheというまぎらわしい名前のパッケージをセットアップし動作するところまでやってみましょう。環境は Ubuntu 9.10 です。

rapache のインストール
まず、R を apt の source list に入れる。これで apt で最新の R を入れ放題。

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu intrepid/


次に rapache と関連パッケージを入れます。

apt-get install r-base-dev apache2-mpm-prefork apache2-prefork-dev
wget http://biostat.mc.vanderbilt.edu/rapache/files/rapache-latest.tar.gz
rapachedir=`tar tzf rapache-latest.tar.gz | head -1`
tar xzvf rapache-latest.tar.gz
cd $rapachedir
./configure
make
sudo make install


rapacheの設定
それでは Apache の設定をしましょう。最近は Ruby on Rails を使うので Apache の設定はひさしぶりです。

sudo emacs -nw /etc/apache2/mods-available/R.load

[html]
LoadModule R_modu…

!RでCGIを書いてみる

みなさん、こんばとらー。仕事で遺伝子発現データベースを作っているのですが、表示するグラフが Pixiv が保有する全イラスト数である490万枚 (2009/06発表) を越えてしまいました、やりました!(なにが? 所内の内部向けなので、PVが数百ですがw むこうは2億PV。

画像を吐くために Sun Grid Engine で PC クラスタをぶんまわしたりしています、頭わるいですね。数値データをグラフにするだけなので、WWWサーバで on the fly でグラフを描画すべきなのですが、サーバが Celeron, メモリ 800MB というという有様だったので躊躇していました。今回は新しいサーバに引っ越したので、R で on the fly 描画にトライしたいと思います。

まずは mod_R, いわゆる [[rapache|http://biostat.mc.vanderbilt.edu/rapache/]] というまぎらわしい名前のパッケージをセットアップし動作するところまでやってみましょう。環境は Ubuntu 9.10 です。

まず、R を apt の source list に入れる。これで apt で最新の R を入れ放題。
deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu intrepid/

次に rapache と関連パッケージを入れます。
apt-get install r-base-dev apache2-mpm-prefork apache2-prefork-dev
wget http://biostat.mc.vanderbilt.edu/rapache/files/rapache-latest.tar.gz
rapachedir=`tar tzf rapache-latest.tar.gz | head -1`
tar xzvf rapache-latest.tar.gz
cd $rapachedir
./configure
make
sudo make install

それでは Apache の設定をしましょう。最近は Ruby on Rails を使うので Apache の設定はひさしぶりです。
sudo emacs -nw /etc/apache2/mods-available/R.load
LoadModule …