スキップしてメイン コンテンツに移動

投稿

9月, 2008の投稿を表示しています

RとBioconductor入門: オープンバイオ講習会@東大医科研

50行ぐらいでRとBioCを理解した気になる講義です。

RとBioconductorの講義資料を置いておきます。
Ustはこちら。http://www.ustream.tv/channel/mntv

R
<<<
demo(graphics)

# R
52.0/(1.63*1.63)
w <- 52.0
h <- 1.63
w/h^2
22*h^2

# function
a <- c(50,1.60)
b <- c(60,1.60)
c <- c(70,1.60)
a[1]/a[2]^2
bmi <- function(x) { x[1]/x[2]^2 }
bmi(a)

# quit and session
q()

# matrix and apply
wh <- matrix(c(50,60,70,1.60,1.60,1.60), ncol=2)
wh[,1]/wh[,2]^2
summary(wh)
?summary
example(summary)
# push q key
example(summary)
apply(wh,1,bmi)
>>>

BioC
<<<
# BioC
library(affy)
e <- justRMA()
is(e)
head( exprs(e) )
write.table(exprs(e), "e.txt", sep="\t", eol="\n", quote=F, row.names=T, col.names=F)

# interesting genes
library('genefilter')

# template matching
e.cor <- genefinder(e, 1, 10, method = "euclidean", scale = "none")
e.cor
exprs(e[e.cor$`100001_at`$indices])
library(annotate)

# T-test
t.filter <- ttest(c(1,1,1,1,2,2,2,2), p=0.01)
t.filterfun <- filterfun(t.filter)
which.t <-…

!!【定量生物学の会 コアメンバーリスト】(五十音順)

ゲノム解析とともに発展してきたバイオインフォマティクスは、
生命のシステム同定や定性的な生命の理解に大きな貢献してきました。
次世代シーケンサの登場によりその重要性はますます高まるばかりです。

一方、ライブイメージング技術やBioMEMS、数理的手法の発達により、
動的な生命現象を定量的に理解する基盤が固まりつつあります。

そこで、定量的に生命を理解すべく日夜、実際に手を動かしている若手
研究者が分野を越えて集い、議論・情報交換を行うために「定量生物学の会」
を組織しました。本日はその「定量生物学の会」の紹介と、年会の案内をさせて
頂きたいと思います。

このブログを読まれているバイオインフォマティクス関連の方々には、
定性的な生命理解のという舞台で活躍してきたバイオインフォマティクスが、定量的な生命
理解ではどのような活躍が期待できるか、など議論に参加して頂くと
面白いのでは、と個人的は考えています。

みなさまのご参加をお待ちしております。

目次:
#定量生物学の会の概要
#年会情報
#研究会@遺伝研の情報
#定量生物の会 コアメンバーリスト

近隣で興味を持って頂けそうな方へ案内して頂けると幸いです。

拝啓

皆様には時下ますますご清栄のこととお喜び申し上げます。

このたび、若手主導で立ち上げを行っている 「定量生物学の会」 の第一回年会と、
遺伝研での研究会の開催、そして「定量生物学の会」の活動内容について簡単にご
案内申し上げたく、メールを差し上げました。

現在、生命科学研究を担う多数の領域において、「定量的なアプローチによる研究」が、
分子生物学的なアプローチを補完する1つの方向性として浮上しつつあります。

例えば、すでに

*細胞の挙動とそれを実現する細胞内反応のパラメータとの整合性を定量的に検証する研究
*組織や細胞、細胞内構造の形や配置などの変化を定量的なデータをもとに特徴づけ、背後に隠れたルールを探る研究
*細胞集団のマクロな挙動と1細胞との挙動とを定量的に関連付け、その背後の法則を探る研究

などの萌芽的な研究例が報告されています。

「定量生物学の会」はこのような背景のもと、各領域において自ら手を動かして
定量的な方向性を模索している若手研究者により、2回の準備会を経て立ち上げられた
研究グループです(コアメンバーはメールの最後を参照して下さい)。
本研究会は、定量的な生命科学の方向性・問題点などを具体的に議論しかつ、
領域…

Oxford Advanced Learner’s Dictionary search command for Ubiquity を書いた

英語学習必携の英英辞書[[Oxford Advanced Learner’s Dictionary|http://www.oup.com/elt/catalogue/teachersites/oald7/?cc=global]]をUbiquityで検索する。
<<<
makeSearchCommand({
name: "oald",
url: "http://www.oup.com/oald-bin/web_getald7index1a.pl?search_word={QUERY}",
icon: "/favicon.ico",
description: "Searches OALD for your keywords.",
});
>>>

{{amazon '0194001164

!参考にしたサイト

Firefox のなかで動くquicksilver とも言える[[Ubiquity|https://wiki.mozilla.org/Labs/Ubiquity]]が超絶便利なので、Pubmed検索用のコマンドを書いてみたよ。

chrome://ubiquity/content/editor.html に以下を貼り付けるだけ。
<<<
makeSearchCommand({
name: "pubmed",
url: "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=search&term={QUERY}",
icon: "/favicon.ico",
description: "Searches NCBI PubMed for your terms.",
});
>>>

#[[Firefox Hacks:ブラウザの新境地? Ubiquityが変える衝撃のブラウザ体験|http://www.itmedia.co.jp/enterprise/articles/0808/31/news003.html]]
#[[Labs/Ubiquity/Ubiquity 0.1 Author Tutorial|https://wiki.mozilla.org/Labs/Ubiquity/Ubiquity_0.1_Author_Tutorial]]

Matlabを販売しているMathWorksとMathematicaを販売しているWolframのサイト検索もできるようにした。
<<<
makeSearchCommand({
name: "mathworks",
url: "http://www.mathworks.com/cgi-bin/texis/webinator/search/?db=MSS&order=r&is_summary_on=1&ResultCount=10&query={QUERY}",
icon: "/favicon.ico",
description: "Searches MathWorks…