2008/11/13

共発現遺伝子を検索できるようにした

http://gaexpr2.appspot.com/?search&keyword=100005_at のページ下部にある "Search co-expression genes" をクリックするだけ。テストデータ100遺伝子分のピアソンの積率相関係数をon the flyで計算してるが実用的な速度だ。4万5000遺伝子ぜんぶつっこんでどうなるかはまだ試してない。あとsort されてないけどそのあたりは JavaScript であとでやる、かもしれない。

ピアソンの相関係数は{{amazon "4873113644"}}にも出てきてたよね、確か。



コードを見たいひとは以下からどうぞ。

http://github.com/dritoshi/gaexpr2/tree/master

追記: sum() 関数があるのをしらずに for で足し算してた、恥ずかしい.../// ということでsum() とリスト内包で書き直した。