2012/03/12

bioconductor.jp 作ったよ

Bioconductor はバイオインフォマティクス向けのRパッケージ集ですが、解析用のソースコード以外にも、アノテーションやゲノム配列、実験データなどの「データ」も含まれています。これらのデータはそれなりのデータサイズになります。ソースコードはそれほどストレスないのですが、データのインストールでは、シアトルにある本家サーバがちょっと遠く感じます。

解析やパッケージ開発している途中に、他のパッケージのコードを読みたくなることが多々あります。そのたびにダウンロードするのが面倒なので、bioconductor package repository を個人的にローカルへミラーをしていました。

せっかくですので、このミラーを公開することにしました。国内からだと結構速いと思います。ミラーリングは毎晩しています。

bioconductor 日本ミラーの使いかたは以下の通り。

追記 (2012/04/03) : 以下のやりかたではなく、こちらの方法で簡単にできるようになりました。bioconductor.jp が R 本体の chooseBioCmirror() に取り込まれたよ

これを毎度入力するのも面倒なので、~/.Rprofile を以下のようにしておくと便利です。 そのうち、R の chooseBioCmirror() に組み込まれる予定ですが、こちらは、R core team が管理しているコードに追加しなければならないので、手続きに少し時間がかるそうです。

ミラーリングの件については、Bioconductor developer team へ知らせてあります。こちらをご参照ください。 http://bioconductor.org/about/mirrors/

追記: (2012/03/27) 統数研にも bioconductor のミラーがありました。こちらも毎日ミラーされているようです。http://bioc.ism.ac.jp/