Bioconductor はバイオインフォマティクス向けのRパッケージ集ですが、解析用のソースコード以外にも、アノテーションやゲノム配列、実験データなどの「データ」も含まれています。これらのデータはそれなりのデータサイズになります。ソースコードはそれほどストレスないのですが、データのインストールでは、シアトルにある本家サーバがちょっと遠く感じます。
解析やパッケージ開発している途中に、他のパッケージのコードを読みたくなることが多々あります。そのたびにダウンロードするのが面倒なので、bioconductor package repository を個人的にローカルへミラーをしていました。
せっかくですので、このミラーを公開することにしました。国内からだと結構速いと思います。ミラーリングは毎晩しています。
bioconductor 日本ミラーの使いかたは以下の通り。
追記 (2012/04/03) : 以下のやりかたではなく、こちらの方法で簡単にできるようになりました。bioconductor.jp が R 本体の chooseBioCmirror() に取り込まれたよ
これを毎度入力するのも面倒なので、~/.Rprofile を以下のようにしておくと便利です。
そのうち、R の chooseBioCmirror() に組み込まれる予定ですが、こちらは、R core team が管理しているコードに追加しなければならないので、手続きに少し時間がかるそうです。
ミラーリングの件については、Bioconductor developer team へ知らせてあります。こちらをご参照ください。 http://bioconductor.org/about/mirrors/
追記: (2012/03/27) 統数研にも bioconductor のミラーがありました。こちらも毎日ミラーされているようです。http://bioc.ism.ac.jp/
解析やパッケージ開発している途中に、他のパッケージのコードを読みたくなることが多々あります。そのたびにダウンロードするのが面倒なので、bioconductor package repository を個人的にローカルへミラーをしていました。
せっかくですので、このミラーを公開することにしました。国内からだと結構速いと思います。ミラーリングは毎晩しています。
bioconductor 日本ミラーの使いかたは以下の通り。
追記 (2012/04/03) : 以下のやりかたではなく、こちらの方法で簡単にできるようになりました。bioconductor.jp が R 本体の chooseBioCmirror() に取り込まれたよ
This file contains hidden or bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") | |
options("BioC_mirror" = "http://bioconductor.jp/") | |
biocLite("GEOquery") |
This file contains hidden or bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
.First <- function() { | |
# sources | |
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") | |
# options | |
options( | |
repos = c(CRAN = "http://cran.md.tsukuba.ac.jp/"), | |
BioC_mirror = "http://bioconductor.jp/", | |
show.signif.stars = FALSE, | |
papersize = "a4", | |
horizontal = FALSE, | |
showWarnCalls = TRUE, showErrorCalls = TRUE, | |
prompt = "R> ", | |
max.print = 1000, | |
menu.graphics = FALSE, | |
browserNLdisabled = TRUE, | |
deparse.max.lines = 2 | |
# stringsAsFactors = TRUE | |
) | |
# library | |
library(plyr) | |
library(MASS) | |
library(RColorBrewer) | |
library(stringr) | |
# ENV | |
Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000') | |
} | |
# alias | |
.alias <- new.env() | |
assign("n", base::names, env = .alias) | |
assign("s", base::summary, env = .alias) | |
assign("l", base::library, env = .alias) | |
assign("h", utils::head, env = .alias) | |
assign("i", utils::install.packages, env = .alias) | |
attach(.alias) | |
.Last <- function() { | |
if (interactive()) try(savehistory("~/.Rhistory")) | |
} |
ミラーリングの件については、Bioconductor developer team へ知らせてあります。こちらをご参照ください。 http://bioconductor.org/about/mirrors/
追記: (2012/03/27) 統数研にも bioconductor のミラーがありました。こちらも毎日ミラーされているようです。http://bioc.ism.ac.jp/
コメント
コメントを投稿