bioconductor.jp 作ったよ

Bioconductor はバイオインフォマティクス向けのRパッケージ集ですが、解析用のソースコード以外にも、アノテーションやゲノム配列、実験データなどの「データ」も含まれています。これらのデータはそれなりのデータサイズになります。ソースコードはそれほどストレスないのですが、データのインストールでは、シアトルにある本家サーバがちょっと遠く感じます。

解析やパッケージ開発している途中に、他のパッケージのコードを読みたくなることが多々あります。そのたびにダウンロードするのが面倒なので、bioconductor package repository を個人的にローカルへミラーをしていました。

せっかくですので、このミラーを公開することにしました。国内からだと結構速いと思います。ミラーリングは毎晩しています。

bioconductor 日本ミラーの使いかたは以下の通り。

追記 (2012/04/03) : 以下のやりかたではなく、こちらの方法で簡単にできるようになりました。bioconductor.jp が R 本体の chooseBioCmirror() に取り込まれたよ

	source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
	options("BioC_mirror" = "http://bioconductor.jp/")
	biocLite("GEOquery")

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これを毎度入力するのも面倒なので、~/.Rprofile を以下のようにしておくと便利です。

	.First <- function() {
	# sources
	source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
	# options
	options(
	repos = c(CRAN = "http://cran.md.tsukuba.ac.jp/"),
	BioC_mirror = "http://bioconductor.jp/",
	show.signif.stars = FALSE,
	papersize = "a4",
	horizontal = FALSE,
	showWarnCalls = TRUE, showErrorCalls = TRUE,
	prompt = "R> ",
	max.print = 1000,
	menu.graphics = FALSE,
	browserNLdisabled = TRUE,
	deparse.max.lines = 2
	# stringsAsFactors = TRUE
	)
	# library
	library(plyr)
	library(MASS)
	library(RColorBrewer)
	library(stringr)
	# ENV
	Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000')
	}
	# alias
	.alias <- new.env()
	assign("n", base::names, env = .alias)
	assign("s", base::summary, env = .alias)
	assign("l", base::library, env = .alias)
	assign("h", utils::head, env = .alias)
	assign("i", utils::install.packages, env = .alias)
	attach(.alias)
	.Last <- function() {
	if (interactive()) try(savehistory("~/.Rhistory"))
	}

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そのうち、R の chooseBioCmirror() に組み込まれる予定ですが、こちらは、R core team が管理しているコードに追加しなければならないので、手続きに少し時間がかるそうです。

ミラーリングの件については、Bioconductor developer team へ知らせてあります。こちらをご参照ください。 http://bioconductor.org/about/mirrors/

追記: (2012/03/27) 統数研にも bioconductor のミラーがありました。こちらも毎日ミラーされているようです。http://bioc.ism.ac.jp/