2008/03/13

!restrictで切断

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curl -O "ftp://ftp.neb.com/pub/rebase/embossa_{r,s,e}.803"
sudo mkdir -p /usr/share/EMBOSS/data/REBASE
sudo cp embossa_e.803 /usr/share/EMBOSS/data/REBASE/embossre.enz
sudo cp embossa_r.803 /usr/share/EMBOSS/data/REBASE/embossre.ref
sudo cp embossa_s.803 /usr/share/EMBOSS/data/REBASE/embossre.sup
>>>
echo 'SET emboss_data /usr/share/EMBOSS/data' >> ~/.embossrc
hoge.faをBamHIで切断する
restrict -sitelen 4 -enzymes BamHI -sequence hoge.fa -outfile hoge.txt

KNOBでemboss_dataの設定をもうちょっとしておいたほうがいいかも.DVDになったことだしデータをつっこんでおいてもいいな.