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ゲノム可視化に関するR+Bioconductorのパッケージ

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ゲノム可視化に関するR+Bioconductorのパッケージ

個々のツールにも可視化の機能があるが、ここではゲノムの可視化を専門とし、特定のアプリケーション(RNA-seq, ChIP-seq, microarray, CNV など) に依存せずに、汎用的に活用できるパッケージを紹介する。

GenomeGraphs
Plotting genomic information from Ensembl
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenomeGraphs.html
既知のゲノム・遺伝子構造などを Ensembl biomart から biomaRt を使って取ってきて、いろいろなプロットできる。もちろん自分の実験データ(シーケンスや microarray など)のプロットもできる。

genoPlot
自分で作成したデータや BLAST や DB の flat file から作図できる。比較ゲノム的な可視化に強い印象。
Bioconductor じゃなく、CRAN。まあ、BioCに通すのはいろいろ大変だからね...

ggbio
Static visualization for genomic data
Genome界の ggplot2 と言えばいいか。遺伝子構造から coverage, 染色体マップまで描ける。

biovizBase
Basic graphic utilities for visualization of genomic data
ggbio のコードを理解するには知っておいたほうがいい。

ChromHeatMap
Heat map plotting by genome coordinate
染色体構造とヒートマップ(階層クラスタリング)が同時に描ける

rtracklayer
R interface to genome browsers and their annotation tracks
UCSC Genome Browser の annotation tracks にデータを import したり、export したりできる。対応しているフォーマットは GFF, BED, bedGraph, BED15, WIG, BigWig など。

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From Evernote: シーケンスアダプタ配列除去ツールまとめTagDust
http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/nexalign-1.3.5.tgz http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/21/2839.full
インストール: curl -O http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/tagdust.tgztar zxvf tagdust.tgz cd tagdust/ make sudo make install rehash
使いかた: tagdust adapter.fasta input.fastq -fdr 0.05 -o output.clean.fastq -a output.artifactual.fastq
解説: 入出力形式は fastq/a が使える。リード全体を除く。速い。アダプター配列を fasta 形式で入力できるのが地味に便利で、これに対応しているものがなかなかない。Muth–Manber algorithm (Approximate multiple string search) を利用。FDRを指定できる。GPL3

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