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先取り! Bioconductor 2.9で追加される ChIP-seq 関連の Library


先取りして、BioC 2.9で追加される ChIP-seq 関連の Library を一行解説とともにリストしてみた。

BCRANK: Predicting binding site consensus from ranked DNA sequences
http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/BCRANK.html

DiffBind: differential binding analysis of ChIP-Seq peak data
ChIP-seq データの比較に焦点を当てたツール。Overlap 計算、Boxplot, PCA biplot, heatmap による可視化、edgeR, DESeq をつかった binding affinity 解析
http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/DiffBind.html

PMAPPER: R interface to the MAPPER database of transcription factor binding sites
TFBS の database である MAPPER (http://genome.ufl.edu/mapper/) の API
http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/RMAPPER.html

ChIPsim: Simulation of ChIP-seq experiments
ChIP-seq のシミュレーションをする。現在のところ nucleosome ChIP-seq にフォーカス
http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/ChIPsim.html

iSeq: Bayesian Hierarchical Modeling of ChIP-seq Data Through Hidden Ising Models
隠れイジングモデルを使った binding site の同定。手法の元論文は、Q Mo, 2011. A fully Bayesian hidden Ising model for ChIP-seq data analysis, Biostat.
http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/iSeq.html

mosaics: MOSAiCS (MOdel-based one and two Sample Analysis and Inference for ChIP-Seq)
Tag 数や Mappability や GCの偏りなどの統計情報をいろいろ計算する。モデルから期待される値に fitting して比較できる。QC寄りのツール。
http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/mosaics.html
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