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R + Bioconductor にある ChIP-seq 関連のライブラリ


1行感想付きで。

CSAR, Statistical tools for the analysis of ChIP-seq data
いわゆる peak caller で正規化・サンプル間比較などもできる。有意差はFDRで。C++
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CSAR.html

chipseq: A package for analyzing chipseq data
名前まんま。chipseq 解析のツールを作るときに使えそうなツール。複数行の操作や、coverage, depth 計算など。解析そのものの機能はない。もちろん peak calling や binding site 同定の機能はない。MAQなどのデータを ShartRead, IRanges などで操作するためのフロントエンドっぽいイメージ。
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/chipseq.html

ChIPseqR: Identifying Protein Binding Sites in High-Throughput Sequencing Data
MNase digest した nucleosome の ChIP-seq 向けの binding site 同定。いつかの診断プロットも書ける。
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPseqR.html

ChIPpeakAnno: Batch annotation of the peaks identified from either ChIP-seq or ChIP-chip experiments.
peak の操作ができる。遺伝子への assignment や GO enrichment, データ間比較などが計算できる。BED, GFF から IRanges にインポートする。
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPpeakAnno.html

rGADEM: de novo motif discovery
spaced dyad と EMアルゴリズムを使ったモチーフ発見。binding region の BEDかFASTAが入力。アラインメント、PWM、パラメータのファイルを出力。SequenceLog は自分でつくらなければならない。
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/rGADEM.html

BayesPeak: Bayesian Analysis of ChIP-seq Data
Peak caller. 入力は BED file
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BayesPeak.html

PICS: Probabilistic inference of ChIP-seq
empirical Bayes mixture model による peak calling。snow で分散計算することが推奨されている。
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/PICS.html
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