2010/09/06

Bioconductor のソースコードを得る

「シリーズ: 良質なR package のコードを読むよ」の第2回目です。

前回までのあらずじ


前回は BioC を読むことに決めて、そのパッケージの基礎知識について書きました。( 第1回: Bioconductor のパッケージについて知る )

なにをするか?


Bioconductor のコードを取得します。BioC のコードは subversion で管理されています。ウェブで閲覧する方法と、subversion で全ソースコードを得る方法を書きます。

ウェブからソースコードをみる


一番簡単にソースコードを見る方法はウェブ経由でソースコードレポジトリを表示することです。ウェブからみれるので iPad の Mobile safari で、ごろごろしながらや電車のなかで、ソースコードが見れるのが良いですね。

https://hedgehog.fhcrc.org/bioconductor/trunk/madman/Rpacks/
ID: readonly, Password: readonly でアクセスできます。ひとつのパッケージがひとつのディレクトリになっています。

そもそも動いているコードを見ないと意味がありません。稼動状況は以下で見ることができます。これはBioC 2.6 の各パッケージの動作状況です。
http://bioconductor.org/checkResults/2.6/bioc-LATEST/

Subversion を使ってソースコードを得る


3Gぐらいあります。以下のコマンドですべてのソースコードを得ることができます。username と password は readonly です。
[code]
svn co --username readonly --password readonly https://hedgehog.fhcrc.org/bioconductor/trunk/madman/Rpacks Rpacks-devel
[/code]

Rpacks-devel ディレクトリにすべてのソースコードがダウンロードされています。こちらもひとつのパッケージがひとつのディレクトリになっています。

特定のパッケージのみ得たい場合は、
[code]
svn co https://hedgehog.fhcrc.org/bioconductor/trunk/madman/Rpacks/Biobase
[/code]
です。例はBioCのベースになるパッケージ Biobase を得ています。

参考: http://bioconductor.org/developers/source-control/

さて、次回からソースコードを読みます。どのパッケージを読みましょうかね?

続きます。