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Androidで使っているアプリ

ラボでAndroidケータイをもっているひとが俺を含めて3人になった。これで iPhone ユーザと同等のユーザ数を誇る勢力に! Android部発足フラグ!

せっかくなのでインストールしているアプリを上げてみた。ほかのお勧めがあったら教えてくださいな。

qik (ライブストリームクライアント, ust みたいなもん)
FxCamera (トイカメ・ポラ風写真が取れる。ほぼデフォでこれ使っている)
Vignette (トイカメとかポラ風とかいろいろできる)
Seesmic (Twitterクライアント、マルチアカウント対応)
Evernote (説明不要のなんでもメモ帳)
はてなモノリス、はてなログイン管理 (バーコードを読みとってツイッターに投稿)
はてなB lite (ブラウザからみているページをブックマークできる)
Connect Bot (SSHクライアント)
RememberTheMilk (ToDoアプリ)
Wordpress (Wordpressのクライアント)
BeamReader PDF Viewer (有料なPDFビューア)
QTコードスキャナ (バーコードやQRコードをスキャニング)
ジョルダン乗換案内
Shazam (音楽の認識と検索)
Simegi (日本語入力)
Backgrounds (壁紙集)
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シーケンスアダプタ配列除去ツールまとめ

FASTQ/A file からシーケンスアダプター配列やプライマー配列を除くためのプログラムをまとめてみる。 まず、配列の除去には大別して2つの方向性がある。ひとつは、アダプター配列を含む「リード」を除いてしまう方法。もうひとつは除きたい配列をリードからトリムする方法である。後者のほうが有効リードが増えるメリットが、綺麗に除ききれない場合は、ゲノムへのマップ率が下がる。 気をつける点としては、アダプター/プライマーの reverse complement を検索するかどうか。paired end の際には大事になる。クオリティでトリムできるものや、Paired-end を考慮するものなどもある。アダプター/プライマー配列の文字列を引数として直接入力するものと、multi fasta 形式で指定できるももある。 From Evernote: シーケンスアダプタ配列除去ツールまとめ TagDust http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/nexalign-1.3.5.tgz http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/21/2839.full インストール: curl -O http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/tagdust.tgztar zxvf tagdust.tgz cd tagdust/ make sudo make install rehash 使いかた: tagdust adapter.fasta input.fastq -fdr 0.05 -o output.clean.fastq -a output.artifactual.fastq 解説: 入出力形式は fastq/a が使える。リード全体を除く。速い。アダプター配列を fasta 形式で入力できるのが地味に便利で、これに対応しているものがなかなかない。Muth–Manber algorithm (Approximate multiple
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ChIP-seq の Peak calling tool を集めたよ

ほかにもあったら教えてください。プログラム/プロジェクト名がツールのプロジェクトサイトへのリンク。その論文タイトルは論文へのリンクになっています。 ツール名の50音順です。 CCCT -  A signal–noise model for significance analysis of ChIP-seq with negative control , chipdiff と同じグループ CisGenome -  CisGenome: An integrated software system for analyzing ChIP-chip and ChIP-seq data . ChromSig -  ChromaSig: a probabilistic approach to finding common chromatin signatures in the human genome. ChIPDiff -  An HMM approach to genome-wide identification of differential histone modification sites from ChIP-seq data ChIP-Seq Analysis Server FindPeaks -  FindPeaks 3.1: a tool for identifying areas of enrichment from massively parallel short-read sequencing technology. Version 4.0 is out. GLITR -  Extracting transcription factor targets from ChIP-Seq data HPeak -  HPeak: an HMM-based algorithm for defining read-enriched regions in ChIP-Seq data MACS -  Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS). PeakSeq -  PeakSeq enables systematic scoring of ChIP-seq experimen
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