2010/03/21

R + Rapache + brew + ggplot2 + RSQLite で作る遺伝子発現データベース

さて、新しいおもちゃを手に入れたら、遺伝子発現データベースを作ってみるというのは定石(主に俺の)なので、作ってみました。

SQLite に発現データをつっこんだデータを RSQLite で取り出して、ggplot2 でプロットし、brew でHTMLを出力しています。

Amazon EC2 上で動作しています。ggplot2 の描写が遅いため、かなりもっさりしていますねー。Amazon EC2 Small Instance は Xeon 1.0-1.2 GHz, 1.7 GB memory 相当らしいです。ggplot2 で画像を on the fly 生成するのは現実的ではなさそうですね。plot() などを使うか、Google Chart API を使うのが現実的かもしれません。また、時間があるときに、plotrix などほかのライブラリと速度の比較をしてみたいです。

Simple Gene Expression Database (R + Rapache + Brew + RSQLite + ggplot2 on Amaozn EC2)

なんだか、Brew, Rapache のなかのひとに褒められた ...///

ちなみに、Amazon EC2 で一日 Ubuntu を動かしていると、このぐらいの料金になりました。


そのうち github にコードをアップしておきたいと思います。

参考:
Ruby on Rails + Gruffを使って、11分で作る遺伝子発現データベース
Google App EngineとChart APIを使って簡単な遺伝子発現データベースを作ってみた