2010/03/22

ggplot2 は The Grammar of Graphics の実装

ggplot2 はほかの R パッケージにくらべて不思議な実装になっています。これには理論的な背景がちゃんとあります。そのあたりを勉強しながら tweet したものを集めました。

The grammar of graphics と オブジェクト指向グラフシステム



  • 14:18 ggplot2が不自由なのでちゃんと勉強するわ... #
  • 15:13 ggplot2 は「グラフはオブジェクト指向で書けるよ」と言った Wilkinson, L.: The Grammar of Graphics の実装なのか。グラフの表現は composite pattern っぽいし、レイヤーを重ねていくところは builder っぽい。 #
  • 15:18 Grammar of Graphics では、Object oriented graph system (OOGS) を提案している。OOGSでは、グラフ作成には specification, assembly, display の3つのステージがある、とする #

  • 15:23 グラフというのは(写真やビデオ)のような自然画像と違い、少ないルールの組み合わせから構成されている。これを指定するのが specification というステップ。 #
  • 15:26 グラフ自体がグラフの組み合わせで構成されている場合もある。グラフのコンポーネント(あるいはレイヤー)を組み立てるステップが assembly #
  • 15:27 グラフを display や画像、ビデオなどに出力するステップが display となる #
  • 15:29 ggplot2 の場合は、assembly のステップが builder pattern のようにオブジェクトを + 演算子で加えていく部分になる。display の部分は単に print() になるんだね。 #



グラフを specification するルールとは



  • 15:33 さて、グラフにおいて、specification すべきルールってなに? って話になる。The grammar of graphics では 6つの statement から構成される、としている。 #
  • 15:33 ここでミーティングの時間になってしまったので続きはあとで... #
  • 19:26 ミーティングおわた #
  • 19:36 specification の 6つの statement とは data, variable transformation, scale transformation, coordinate system, element, guide のこと #
  • 19:40 data はそのまんま、描画するためのデータのこと。 #
  • 19:50 データをプロットするために bin をとってサマライズしたり、ランクのデータに変換したりする必要があるが、この部分が variable transformation の部分です。 #
  • 19:50 ggplot2 の実装では statistical transformation と呼ばれていて、stat_hoge のアレがそうですね #
  • 19:52 scale transformation は単にログスケールにするとかそういう話 #
  • 20:06 coordinate system もまんまですね、極とかデカルトとかそういうこと #
  • 20:07 element ってのはグラフの種類やみための話で、ggplot2 でいう、geometric object に対応するはず。geom_hoge っていうアレですね #
  • 20:09 guide は軸とかレジェンドとかそういうやつ #

  • 20:11 以上のように、ggplot2 は The grammar of graphics の実装になっているわけです #

  • 20:18 ggplot2 を使うにあたって、The grammar of graphics 以外に知っておくべきこととして、データの mapping ぐらいかな? aes を使って軸にデータフレームのどのカラムを使うのかを指定する必要があります。 #



ggplot2の実装について



  • 20:25 str(ggplot()) するとオブジェクトの中身がだいたい The grammar of graphics で言っているような感じになっていますね #
  • 20:29 ggplot2 の具体的な話にはいる。qplot がお手軽総称関数で、これでプロットしておくとさっきの6つの statement をいいかんじにしてくれる。よって、The grammar of graphics とか知らなくてもいい。やたー #
  • 20:31 でも、色々細かいことを指定して、かっちょいーグラフを書くには The grammar of graphics を理解して、ggplot() を使わなきゃ。 #
  • 20:37 ggplot() を使うにしても、便利な geom_hoge() と stat_hoge() いうメソッドがあるので完全に一から組み立てる必要はない。GoF の デザパタで言うところの builder pattern っぽい感じですね #
  • 20:52 このあたりの話ってもう誰かブログに書いてたりすんだっけ? > ggplot2 #
  • 20:59 ggplot2 は S3 な Prototype object-based programming で書かれていますね... #
  • 21:02 Prototype object-based programming はよーわからんのよ、おいら #
  • 21:15 ソースみると、geom_.r というトップレベルのクラスがあってこれには draw method がある。いわゆる template method pattern みたいな感じで、geom-abline.r で draw() が定義されいてるわけか #
  • 21:20 stat_hoge() に関しても stat_.r の calculate() とか calculate_groups() を stat_hoge.r で定義すると。 #
  • 21:26 なんかいろいろなところ作った statement を plot.r のなかで構造体としてまとめる。+ で ggplot オブジェクトを加えていけるのは、plot-construction.r がミソか #
  • 21:30 plot.r で作られた ggplot オブジェクトは最終的に、plot-render.r に渡されて grid.draw {grid} で描画される #
  • 21:30 うん、これで ggplot2 はわかったね、みんな! #
  • 21:33 そして ggplot2 は pure R で実装されているのであった。そりゃ遅いさ。 #
  • 21:47 ggplot2 がゲシュタルト崩壊してきたのでそろそろ自重 #
  • 21:53 @ma_ko いや、プログラムのファイル名が "-" でメソッド名が "_" なのよ #
  • 21:54 一箇所、たしかにまちがっているところあるな #
  • 21:56 @ma_ko The grammar of graphics は Google Books でさっき読んだ bit.ly/7RW59X #



参考書籍:



結局、両方買っちゃいました。