2008/06/24

Rのバッチモードでコマンド引数を取る関数を書いたが必要なかった

[[バッチモードのRにおけるコマンド引数の参照|http://d.hatena.ne.jp/dancing_infobio/20071105/p1|http://d.hatena.ne.jp/dancing_infobio/20071105/p1]]で初めて知ったのだけど、Rのバッチモードで --argsを指定すると、commandArgs() でコマンド引数をとれるらしい。
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$ R --vanilla --quiet -e 'print(commandArgs())' --args hoge fuga piyo
> print(commandArgs())
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/exec/i386/R"
[2] "--vanilla"
[3] "--quiet"
[4] "-e"
[5] "print(commandArgs())"
[6] "--args"
[7] "hoge"
[8] "fuga"
[9] "piyo"
>>>
たしかにとれる。しかし、引用元のエントリでも指摘している通り、"--args" 以降でなくて、全部の引数が格納されるので使いづらい><
気分によって --quiet を指定しなかったり、-e じゃなくて スクリプトをリダイレクトしたい場合に "--args" の位置が変わっちゃうじゃん。怖くて使えないよ。

そこで --args 以降を取得する get_args() を作ってみたが必要なかったorz...
R --vanilla --quiet -e 'print(commandArgs(trailingOnly=T))' --args hoge fuga piyo
で良いそうです。THX > ma_ko
http://twitter.com/ma_ko/statuses/842339104

仮に、--args がない場合は character(0) が帰ってくるので自分で例外処理しないといけないけど。
if (length(commandArgs(trailingOnly=T)) == 0) {
例外処理
}
みたいな感じかな?
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R --vanilla --quiet -e 'print(commandArgs(trailingOnly=T))'
> print(commandArgs(trailingOnly=T))
character(0)
>>>

一応、残しておきますね >< 教訓: ヘルプ読め

どう書くにもありましたよ。id:kkobayashiさんですね。http://ja.doukaku.org/comment/5015/addtag/
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get_args <- function(args) {

if ( isTRUE(any(args == "--args")) ) {
arg_start <- which(args == "--args") + 1
arg_end <- length(args)
args <- args[arg_start:arg_end]
return(args)
} else {
cat("Not found.\n")
q()
}

}
>>>
commandArgs()を引数としているが関数のなかにハードコーティングしてしまってもいいかも。

これを get_args.r と保存して、
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$ R --vanilla --quiet -e 'source("get_args.r"); print(get_args(commandArgs()))' --args hoge fuga piyo
> source("get_args.r"); print(get_args(commandArgs()))
[1] "hoge" "fuga" "piyo"
>>>
もし、--quiet を付けずに、--argsの位置がずれても大丈夫!
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$ R --vanilla -e 'source("get_args.r"); print(get_args(commandArgs()))' --args hoge fuga piyo
> source("get_args.r"); print(get_args(commandArgs()))
[1] "hoge" "fuga" "piyo"
>>>
もし、--args がなかったら怒られるよ。
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$ R --vanilla --quiet -e 'source("get_args.r"); print(get_args(commandArgs()))'
> source("get_args.r"); print(get_args(commandArgs()))
Not found.
>>>

もっと良い方法があったら教えてください。あと、Ruby で言うところの ruby -r オプションがあれば教えてほしいです。