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勉強した分だけマスを埋めていくと勉強が続くらしいので、マスを自動生成するプログラムを書いてみたよ

[[大学のときTOEIC390点だった社会人が1年でTOEIC「Bクラス」を出す方法|http://anond.hatelabo.jp/20080609005131]]

""勉強時間はノートに書いて30分単位で記録、グラフ化。その上で、月ごとに目標勉強時間を決めておいて、その時間分だけマス目を作成。実際に勉強した分だけ塗りつぶしていきました。この記録は「モチベーションの維持」のためにつけていました。より「自分が勉強している」ことをより実感出来るよう、手書きのノートにこだわりました。実際、マス目が少しずつ埋まっていくのは結構快感です。また、ノートなら簡単に見返すことが出来るのもいいところです。ハッキリいって、この習慣がなかったら、おそらく勉強が続くことはなかったと思います。

勉強のログを取りましょう、という話は良く聞くよね。記録を付けるとダイエットが続くとかいうアレとかね。また、手でマスを埋めていく快感を得ること、つまり、達成感を得る儀式の導入が大事というのは、[[バブルマップ|http://www.ideaxidea.com/archives/2005/10/_todo.html]]のなかの人も言ってたよね。

これまでブログやはてなグラフ、Google Spreadsheetsとか使ってログを書いてたけど、手で消す快感とやらを体感したくなったのでマスを作ることにした。

マスの例。実際はA4のPDFに出力される。

http://img.skitch.com/20080609-t7iuhyy1ia9incshkyntdpieec.jpg

マスを埋めたところ。328ページあるテキストを読んでいる途中。

http://img.skitch.com/20080609-e3kb75nypb4i3kg6esp6de56ja.jpg

コードはこちら。pagesには本のページ数やトータルの勉強時間とか入れたらいいよ。出力されるPDFのファイル名はfilenameのところね。

<<<
# init
filename <- "hoge.pdf"
pages <- 328

# make a grid
rows <- pages%/%10 + 1
x <- 1:10
y <- 1:rows
z <- rep(c(rep(c(0,1), 5), rep(c(1,0), 5)), rows%/%2)
if (rows%%2 > 0) {
# pages%%10
z <- c( z, rep(c(0,1), 5)[1:(pages%%10)], rep(0, 10-(pages%%10)) )
}
z <- matrix(z, nrow=10, byrow=F)

# draw a grid
par(new=T)
pdf(filename, paper="a4")
par(mai=c(1,1,1,1), fin=c(6,6), ps=7)
image(x,y,z, col=c("#FFFFFF", "#F6F6F6"), axes=FALSE, xlab=NA, ylab=NA)

# draw axes
par(las=1)
axis(1, 1:10, tick=FALSE)
axis(3, 1:10, tick=FALSE)
par(las=2)
axis(4, seq(1,rows, by=2), seq(10,rows*10,20), tick=FALSE)
box()
dev.off()
>>>
ごめん、[[R|http://www.r-project.org/]]なんだ。

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気をつける点としては、アダプター/プライマーの reverse complement を検索するかどうか。paired end の際には大事になる。クオリティでトリムできるものや、Paired-end を考慮するものなどもある。アダプター/プライマー配列の文字列を引数として直接入力するものと、multi fasta 形式で指定できるももある。

From Evernote: シーケンスアダプタ配列除去ツールまとめTagDust
http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/nexalign-1.3.5.tgz http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/21/2839.full
インストール: curl -O http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/tagdust.tgztar zxvf tagdust.tgz cd tagdust/ make sudo make install rehash
使いかた: tagdust adapter.fasta input.fastq -fdr 0.05 -o output.clean.fastq -a output.artifactual.fastq
解説: 入出力形式は fastq/a が使える。リード全体を除く。速い。アダプター配列を fasta 形式で入力できるのが地味に便利で、これに対応しているものがなかなかない。Muth–Manber algorithm (Approximate multiple string search) を利用。FDRを指定できる。GPL3

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