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!ハズレた方や他の読者のかたへ

TrackBackで9人, コメントで1人(h-kondoさん)の合計,10人のかたにご応募を頂きました.lDはトラックバック順,コメントの順にしました.

それでは抽選結果を発表します.
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$ R --vanilla -e 'sample(10)[1:2]'

R version 2.6.1 (2007-11-26)
Copyright (C) 2007 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

Rはフリーソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。
配布条件の詳細に関しては、'license()'あるいは'licence()'と入力してください。

Rは多くの貢献者による共同プロジェクトです。
詳しくは'contributors()'と入力してください。
また、RやRのパッケージを出版物で引用する際の形式については
'citation()'と入力してください。

'demo()'と入力すればデモをみることができます。
'help()'とすればオンラインヘルプが出ます。
'help.start()'でHTMLブラウザによるヘルプがみられます。
'q()'と入力すればRを終了します。

> sample(10)[1:2]
[1] 5 10
>>>
ということでIDが5, 10の方が当選です.5番目は[[id:yatsuta|http://d.hatena.ne.jp/yatsuta/20080220#1203514545]]さん,10番目はトラバがうまくいかなくてコメントでの応募になった[[id:h-kondo|http://d.hatena.ne.jp/h-kondo/20080221]]さんでした.おめでとうございます.

お二方は送り先を dritoshi at gmail dot com までお知らせ下さい.住所,郵便番号,お名前をお知らせください.お名前はハンドル名でも良いですが,送り先が会社や大学の場合はハンドル名バレしますのでご注意下さい:-)

あとyatsutaさんはHaskell版EMBOSSを添付するかcode repositoryのURLをお忘れなく.並列化に興味があるようなので同じ関数型言語で並列処理が容易なErlangでも構いません,というのは冗談です:-)

著者割引(2割引)でお売りできます.dritoshi at gmail dot comまで連絡先をお知らせ下さい.こちらについては際限なく受けつけると単純に僕の負担になるので3月31日までの受付とします.こちらはコメントやトラックバックではなくメールでのみの受付とします.

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Quartz-Seqで1細胞/微量RNA-Seqを始めたい方へ

はじめに 新しい高精度な1細胞RNA-Seq, Quartz-Seq論文を出してから、各方面から多く相談を受けています。
Sasagawa Y and Nikaido I, et. al. Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA-Seq reveals non-genetic gene expression heterogeneity. Genome Biology. 14. 2013 
そこで、新しく1細胞RNA-Seqを始める方へ、僕達が理想だと考えている技術導入の手順を紹介したいと思います。また我々の方法は1細胞(6-14 pg Total RNA)だけでなく pg-ng オーダーの少量RNAからシーケンスが可能です。そのような方も以下の手順が参考になると思います。 0. 1細胞/微量RNA-Seqが本当に必要なのか検討する 1細胞/微量RNA-Seqでは、現時点でQuartz-Seqが世界最高の性能を持っている訳ですが、十分なサンプルを用意し、通常のRNA-Seqしたほうが、より精度の高いデータが得られます。なので、基本的には、サンプルをたくさん集める方法をしっかり検討すべきです。まずは、戦略面と技術面で1細胞/微量RNA-Seqが本当に必要かを検討する基準について書きます。 0.1. 戦略面での検討 あなたが抱えているプロジェクトが、1細胞/微量RNA-Seqでなければアプローチできないかどうかを問い直すことが重要です。
基本的には以下の2つの状況で、1細胞/微量RNA-Seqが役に立ちます。
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シーケンスアダプタ配列除去ツールまとめ

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解説: 入出力形式は fastq/a が使える。リード全体を除く。速い。アダプター配列を fasta 形式で入力できるのが地味に便利で、これに対応しているものがなかなかない。Muth–Manber algorithm (Approximate multiple string search) を利用。FDRを指定できる。GPL3