2008/01/23

!3. オープンアクセス

20080128追記: タイトルをちょっと変更した。ITというかプログラムが書けたりデータ解析ができる人向けという感じで書いたつもりだったのですがITとどっちがオープン化的な捉え方をされた方もいたようなので。タイトルがそうだから誤解させてしまったようです。

[[研究とかをオープンにすること|http://d.hatena.ne.jp/syou6162/20080124/1201106105]]で引用されたの詳細を書いてみた.
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こんなこと考えてたらバイオはオープンな感じだよ、って教えてもらったのを思いだす
* そしたら「オープンアクセス」っていうのを教えてもらった
o Open Access Japan | オープンアクセスジャパン
o 急増する「オープンアクセス」方式の学術誌 | WIRED VISION
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バイオ研究のどのへんがオープン化を紹介しますよ.バイオ研究がオープンな理由を3つに分けて説明します.

ただし,そもそもオープンバイオ研究会などを主催しているだけあってバイアスがあったり,異分野のひとにわかるようにover simplifyしていたり,良い面だけ書いているところがあることも注意してください(倫理面や実験の難しさなどの問題).

バイオ,特にゲノミクスと呼ばれている分野で使われているプログラムは多くがオープンソースです.今はどうかわかりませんが,PerlモジュールのレポジトリCPANでもっとも巨大なモジュールであるBioPerlなどはその例のひとつです.GD.pmやCGI.pmなんかもゲノムデータを表示するために作られたものです.また統計解析パッケージのRの中のひと[[http://gentleman.fhcrc.org/|http://gentleman.fhcrc.org/]]もバイオの人が中心です.

いわゆるヒトゲノム計画の成果であるヒトゲノム配列を公開するサイトである[[Ensembl|http://www.ensembl.org/]]はこのサイトのデータとソースコードがすべて公開されています.ちなみにPerl + JavaScriptが中心ですね.

バイオでは遺伝子などのDNA配列(いわゆるATGC)は基本的に公開しなければ論文を通すことができません.国際塩基配列データベースというところにデータを公開しなければならない義務があります.これは誰もが再利用できます.このようなデータ公開のアクティビティは塩基配列データだけでなく,ある遺伝子が体のどこでどのぐらい存在しているかを調べた発現情報,ヒトゲノムそのものなどがオープンデータになっています.

さらにこれらのデータのデータベースを作ることが研究として認められています.データの標準化なども進んでおり,多くのデータがFTPやWebサイトなどからだけでなく,SOAP, RESTなどwebサービスを介してやりとりすることができます.

お酒を分解する酵素の遺伝子配列をウェブサービスを使ってゲットするには
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&rettype=xml&retmode=text&id=Adh1
とします.

ヒトゲノムプロジェクトで決定されたY性染色体の全配列を以下のURLから誰でも得ることができます.
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/CHR_Y/hs_ref_chrX.fa.gz

先に紹介したensemblのMySQLサーバに直接アクセスして提供しているデータベースの一覧を得るには以下のようにすればよいでしょう.
$ echo 'show databases' | mysql -u anonymous -h ensembldb.ensembl.org

バイオを中心に論文そのものを誰もが無料で見れるようにしようという活動があります.膨大なデータや知識を必要とする生物学では他分野の論文を広く読む必要があったりします.論文がオープンでないとなかなかデータの解釈に困ることがありますが,オープンアクセスはそれを解決し科学を促進させる方法のひとつです.オープンアクセスについてはググれば日本語のリソースがたくさんあるのでそちらに解説は譲ります.http://www.openaccessjapan.com/

極端な例では論文をブログのようにTrackbackやコメント(tDiaryでいうところのつっこみ)で評価しようという試みも真面目に取りくんでいます.http://www.plosone.org/

また実験技術や論文などを動画で共有するサービスも始まっています.http://www.jove.com/

もちろん,実際の研究経過や真似されやすい研究は慎重に隠しますよ.それにバイオといっても化学寄りなどクローズドな感じの分野もあります.製薬会社なんかもハンパなくクローズドです.ただ出せるものは積極的に公開していこうという空気がバイオにはあります.ウェブのコンテンツなどは簡単に手にはいるオープンデータですが,バイオもかなり大量の未解析(あるいは解析が足りない)データが公開されているわけです.統計やプログラミングを武器とするひとが参入するには面白い分野ではないでしょうか.

気が向いたらどのような統計やIT技術が期待されているか,どのようにして学ぶのかなどを書くかも.
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蛇足だが,アニメをみてAR・VR,ロボット研究を始めたっていう聞くけど,エヴァとか綾波レイとかピカチューとかキラヤマト(コーディネーター),攻殻機動隊の少佐(脳科学的な意味で)を作りたいからバイオやります,というという猛者がいてもいいと思う.本当にやったら倫理的にまずいけどね(ジーンダイバーはVR+AR+バイオだったよな,アレ大好き).アマチュア天文学者がいるようにアマチュアのコンピュータ系のバイオロジストがいてもいい.