Hacking is believing

MBSJ2011の 2T3a「分子構造・生命情報」ポストゲノム解析・バイオインフォマティクス で座長します。シーケンス関連の一般口頭発表がライナップされていますので、どうぞご参加ください。 日時：12月14日（水）（第２日目）10:30 ~ 12:00 会場：第3会場（パシフィコ横浜　3階　302） セッション名：2T3a「分子構造・生命情報」 ポストゲノム解析・バイオインフォマティクス

MBSJ イブニングフォーラム「核内情報の次世代シーケンス解析 — 現在と未来 –」 日時: 12/14 (水, 2日目) 19:50 – 20:50 会場: パシフィコ横浜 会議センター4階 413（第10会場） 企画:  二階堂愛  (理研CDB)、 渡辺亮  (京大iPS研) 主催: NGS現場の会 参加方法: 申し込みは必要ありません。参加費も無料です。 参加資格: どなたでも参加できます。 http://ngs-field.org/meeting/mbsj2011_forum 趣旨: 次世代シーエンサーが、生命科学の新しい知見を引き出すツールとしての地位を確立しつつあります。しかも、これまでビックラボがビックサイエンスとして進めてきたオミックス技術が、ラボ・研究者単位で自在に使えるようになってきました。このような時代に、自分の生命現象に対する疑問を解くツールとして、実際に自分の手で利用しデータを解析している最先端の研究者のご講演を元に、次世代シーケンシングの現在と未来について議論したいと思います。 今、次世代シーケンサーを使って研究を進めている方以外にも、これから次世代シーケンシングを行いたい方、次世代シーケンサーについて現状を知りたい方の参加も歓迎します。どなたでも無料で参加できます。 会場で軽食／飲み物を提供します（数には限りがあります）。また会が終わった後に会場を出て、演者を交えた懇親会も企画しています。次世代シーケンサーについて本音で語り合うチャンスです。是非、皆様の参加をお待ちしております！ プログラム: 19:50 – 20:10 「FAIRE-seq法を用いた脂肪細胞分化に関わる転写制御因子の同定」 中村正裕 (東大・医)  参考文献 20:10 – 20:30 「高次クロマチン構造解析技術：ChIPseqから3Cseqに向けて」  大川恭行 (九大・医) 20:30 – 20:50 「総合討論」 司会:  二階堂愛  (理研CDB)

From Evernote: R/Bioconductor のパッケージ作成に役立つリンク集 R や Bioconductor のパッケージ作成について、参考になりそうなリンク集を集めました。 Creating R Packages: A Tutorial http://cran.r-project.org/doc/contrib/Leisch-CreatingPackages.pdf Rパッケージ作成に関するチュートリアルのテキスト。これを一通りやれば作れるようになる。S3, S4 classes についても書いてある。R5 classes については書いてない。 Building Packages http://www.bioconductor.org/help/course-materials/2010/AdvancedR/BuildPackage.pdf R packages 作成に必要な基礎知識をまとめた資料。プレゼン形式なので要点がまとまっていて読みやすい。BioC について一部書いてある。 Building Packages: Self-Study Exercises http://www.bioconductor.org/help/course-materials/2011/AdvancedRFeb2011Seattle/BuildPackage-lab.pdf 同じく Wong さんの資料。パッケージ作成の演習問題。 Seminar III: R/Bioconductor http://www.lcg.unam.mx/~lcollado/B/lectures/packages/packages.pdf これもBioCライブラリ作成のレクチャー資料。プレゼン形式。要点がまとまっていてよい。 Authoring R Packages http://www.bioconductor.org/help/course-materials/2008/advanced_R/packages.pdf Rパッケージの仕組みについてのレクチャーの資料。プレゼン形式。BioCについては書いてない。 Bioconductor...

FASTQ/A file からシーケンスアダプター配列やプライマー配列を除くためのプログラムをまとめてみる。 まず、配列の除去には大別して2つの方向性がある。ひとつは、アダプター配列を含む「リード」を除いてしまう方法。もうひとつは除きたい配列をリードからトリムする方法である。後者のほうが有効リードが増えるメリットが、綺麗に除ききれない場合は、ゲノムへのマップ率が下がる。 気をつける点としては、アダプター/プライマーの reverse complement を検索するかどうか。paired end の際には大事になる。クオリティでトリムできるものや、Paired-end を考慮するものなどもある。アダプター/プライマー配列の文字列を引数として直接入力するものと、multi fasta 形式で指定できるももある。 From Evernote: シーケンスアダプタ配列除去ツールまとめ TagDust http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/nexalign-1.3.5.tgz http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/21/2839.full インストール: curl -O http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/tagdust.tgztar zxvf tagdust.tgz cd tagdust/ make sudo make install rehash 使いかた: tagdust adapter.fasta input.fastq -fdr 0.05 -o output.clean.fastq -a output.artifactual.fastq 解説: 入出力形式は fastq/a が使える。リード全体を除く。速い。アダプター配列を fasta 形式で入力できるのが地味に便利で、これに対応しているものがなかなかない。Muth–Manber algorithm (Approximate multiple ...

From Evernote: Evernote から blogger に投稿するテスト ここの blog エントリはだいたい Evernote に書いてあるメモを修正して公開している。Evernote にはノートをメール送信する機能があるので、それを使って blogger に投稿できるか試してみる。 リンクが張れるか? http://blog.hackingisbelieving.org/ 画像が張れるか? フォント情報は維持されるか? サイズのテスト 色のテスト スタイルのテスト フォントの種類 hoge fuga piyo  チェックボックス Table テーブル ほげ ふが hr --- ここまで Evernote で書いた --- おお、できるね! これはラクチンかも。画像もちゃんと投稿される! そもそも Evernote にメモを取るようになってから blog を書く頻度が非常に下がったが、Evernote のメモを blogger に簡単に投稿できるようになると、少しは更新頻度が上がるかも。 blogger の設定画面から、メール投稿機能を ON にしておく必要あり。いきなり投稿することもできるし、下書きにいれることも可能。これで Evernote のほうを更新すると自動的に blogger も更新されると嬉しいのだが...

先取りして、BioC 2.9で追加される ChIP-seq 関連の Library を一行解説とともにリストしてみた。 BCRANK: Predicting binding site consensus from ranked DNA sequences http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/BCRANK.html DiffBind: differential binding analysis of ChIP-Seq peak data ChIP-seq データの比較に焦点を当てたツール。Overlap 計算、Boxplot, PCA biplot, heatmap による可視化、edgeR, DESeq をつかった binding affinity 解析 http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/DiffBind.html PMAPPER: R interface to the MAPPER database of transcription factor binding sites TFBS の database である MAPPER ( http://genome.ufl.edu/mapper/ ) の API http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/RMAPPER.html ChIPsim: Simulation of ChIP-seq experiments ChIP-seq のシミュレーションをする。現在のところ nucleosome ChIP-seq にフォーカス http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/ChIPsim.html iSeq: Bayesian Hierarchical Modeling of ChIP-seq Data Through Hidden Ising Models 隠れイジングモデルを使った binding site の同定。手法の元論文は、Q Mo, 2011.  A fully...

1行感想付きで。 CSAR, Statistical tools for the analysis of ChIP-seq data いわゆる peak caller で正規化・サンプル間比較などもできる。有意差はFDRで。C++ http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CSAR.html chipseq: A package for analyzing chipseq data 名前まんま。chipseq 解析のツールを作るときに使えそうなツール。複数行の操作や、coverage, depth 計算など。解析そのものの機能はない。もちろん peak calling や binding site 同定の機能はない。MAQなどのデータを ShartRead, IRanges などで操作するためのフロントエンドっぽいイメージ。 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/chipseq.html ChIPseqR: Identifying Protein Binding Sites in High-Throughput Sequencing Data MNase digest した nucleosome の ChIP-seq 向けの binding site 同定。いつかの診断プロットも書ける。 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPseqR.html ChIPpeakAnno: Batch annotation of the peaks identified from either ChIP-seq or ChIP-chip experiments. peak の操作ができる。遺伝子への assignment や GO enrichment, データ間比較などが計算できる。BED, GFF から IRanges にインポートする。 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPpeakAnn...