さて、新しいおもちゃを手に入れたら、遺伝子発現データベースを作ってみるというのは定石(主に俺の)なので、作ってみました。 SQLite に発現データをつっこんだデータを RSQLite で取り出して、ggplot2 でプロットし、brew でHTMLを出力しています。 Amazon EC2 上で動作しています。ggplot2 の描写が遅いため、かなりもっさりしていますねー。Amazon EC2 Small Instance は Xeon 1.0-1.2 GHz, 1.7 GB memory 相当らしいです。ggplot2 で画像を on the fly 生成するのは現実的ではなさそうですね。plot() などを使うか、Google Chart API を使うのが現実的かもしれません。また、時間があるときに、plotrix などほかのライブラリと速度の比較をしてみたいです。 Simple Gene Expression Database (R + Rapache + Brew + RSQLite + ggplot2 on Amaozn EC2) なんだか、 Brew, Rapache のなかのひとに褒められた .../// ちなみに、Amazon EC2 で一日 Ubuntu を動かしていると、 このぐらいの料金 になりました。 そのうち github にコードをアップしておきたいと思います。 参考: Ruby on Rails + Gruffを使って、11分で作る遺伝子発現データベース Google App EngineとChart APIを使って簡単な遺伝子発現データベースを作ってみた