Hacking is believing

Google Chart APIで、グラフ描写ツールである GraphViz で使われている dot 言語 が使えるようになっています。 GraphViz Charts (Experimental) / Google Chart API 以下のような graph が簡単に書けます。 このグラフを dot 言語で書くと以下のようになります。 [code] digraph loveplus { rankdir=LR; size="8,5" node [shape = doublecircle]; N, I; node [shape = circle]; N -> I [ label = "Love" ]; R -> I [ label = "Love)" ]; M -> I [ label = "Love" ]; I -> N [ label = "Lover" ]; I -> R [ label = "Sister" ]; I -> M [ label = "Friend" ]; } [/code] これを Google Chart API で描写したいときは、 http://chart.apis.google.com/chart?cht=gv&chl=digraph{dot言語のコード}&chs=500x600 という書式で書きます。dot言語コードの中括弧の中身(2-11行目)を"dot言語のコード"に入れます。chs は画像のサイズを指定しますが、300000 pixels 以下にする必要があります。

いつからかわからないけど、Primer3 の入力フォーマットが微妙に変わったらしい。これまで、入力配列は SEQUENCE=ATGCAGAGAG... という形で指定していたが、 SEQUENCE_TEMPLATE=ATGCAGAGAG... に変わったらしい。このせいで EMBOSS の eprimer3 が SEQUENCE タグを発見できなくて動かない。 Primer3 のコードをいてみたら、read_boulder.c の以下の箇所が [code] if (COMPARE("SEQUENCE_TEMPLATE")) { /* NEW WAY */ if (/* p3_get_seq_arg_sequence(sa) */ sa->sequence) { pr_append_new_chunk(parse_err, "Duplicate tag: "); pr_append(parse_err, "SEQUENCE"); } else { if (p3_set_sa_sequence(sa, datum)) exit(-2); } continue; } [/code] となっている。なぜ変えたしw なにが NEW WAY だよw よって read_boulder.c 内の SEQUENCE_TEMPLATE を SEQUENCE に変更してコンパイルすれば、eprimer3 で使える primer3_core ができるよ。 Primer3 2.2.2-beta と EMBOSS-6.3.1 の話でした。そのうち、EMBOSS のなかのひとがなんとかしてくれるでしょう。 追記: cvs の EMBOSS のソースをみましたが、eprimer3 はまだ新しいファイルフォーマットに対応していないようですね。