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DNAを増幅するサーマルサイクラーを自作してみたよ

DNAをPCR法で増幅するために必要なサーマルサイクラーを自作してみました。自作と言っても、いわゆる、PCの自作と同じでパーツを組み立てていく感じです。購入から組み立ての様子を簡単に紹介します。 モチベーション ラボには様々なレクリエーションがあります。例えば、単にどこかに遊びに行ったり、スポーツ大会したり、ひたすら合宿形式でプログレスのプレゼンをするミーティングするなどがあります。それもよいのですが、せっかくなので、普段の研究時間ではトライできないが、研究に関わる hack を行う、というイベントを企画してみました。夏休みの自由研究や社会科見学的なノリです。   うちのラボでは、PCRを使ったウェットの実験技術の開発をしてきました。しかし、サーマルサイクラーのハードウェアの仕組みを体験的に理解している訳ではありません。そこで、サーマルサイクラーを作ってみました。   欧米で始まっている、自宅のガレージやキッチンでバイオロジーを行うムーブメント、バイオパンク、DIYbio を体験しておきたいというのもありますし、Arduino などオープンハードウェア、Maker のムーブメントを体験するのも目的の一つです。ハードウェア開発が思っているほどハードルが下っていることを体験できて、かつ、将来、ウェットの開発だけでなく、装置開発などもできたら、ラッキー、ぐらいの気持ちでやってみました。   購入 今回作ったのは、組み立て式で、かつ、仕様などや設計図が公開されているOpenPCRというサーマルサイクラーです。ハードウェアの仕様・設計図、制御ソフトウェアなどの情報がすべて公開されており、部品からも自作することが可能です。今回は、「設計図から部品や回路のパーツを作り、それらを組み立てる直前のもの」を購入しました。   ChaiBio https://www.chaibio.com/   OpenPCR https://www.chaibio.com/products/openpcr   なぜか http://openpcr.org/  で購入できなかったので、eBay にある ChaiBio で買いました。   OpenPCR - eBay http://www.ebay.com/itm/111096418574   本体価格は ...

最新版KNOBがバンドルした本が2/25に出版されます。 オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析

オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析 著者:樋口 千洋 著 ・定価:6090円(本体5800円+税) ・B5 400頁 ・ISBN 978-4-274-06756-3 ・発売日:2009/02 http://ssl.ohmsha.co.jp/cgi-bin/menu.cgi?&ISBN=978-4-274-06756-3 という本にバンドルするDVDにKNOB Projectが協力させて頂きました。2/25発売です。 [[KNOB|http://knob.sourceforge.jp/]]にバンドルされているソフトウェアは、僕、あるいはオープンバイオ研究会のメンバーの嗜好が反映されています。よって配列、発現解析などに偏っていました。今回のKNOB4.1.0はメタボロームやプロテオーム、ケムインフォマティクスなどに関わっている樋口さんが選んだソフトが多数含まれていて面白いと思いますよ。 著者の樋口さん、そしてKNOBコアディベロッパーの山本さん、おつかれさまでした。 最新版のKNOBの情報はまた後で書きます。

第11回オープンバイオ研究会を開催します

2009/3/27-28 に、第40回 人工知能学会分子生物情報研究会(SIG-MBI)との併催で、第11回オープンバイオ研究会を開催します。 JAIST での併催は5回目になります。例年オープンバイオ研究会主体の部は、実習形式やオープンスペース形式など、実験的にいろいろと趣向を凝らしてきましたが、今年は二日目にポスターセッションを開催します。ただし、活発な議論を行うためにいくつかのルールを設けました。 詳細は以下のURLからどうぞ! http://open-bio.jp/?meeting11