Hacking is believing

rapache, brew から Rのライブラリを使うには、apache の設定を以下のようにする。具体的にはggplot2 と RSQLite を読み込んでます。3行目が肝心なところ。 sudo jed /etc/apache2/mods-available/R.conf [code] <IfModule mod_R.c> ROutputErrors REvalOnStartup "library(ggplot2); library(RSQLite)" <Location /RApacheInfo> SetHandler r-info </Location> </IfModule> [/code] ブログに書いていないところはみごとに忘れるわ。。。

ggplot2 はほかの R パッケージにくらべて不思議な実装になっています。これには理論的な背景がちゃんとあります。そのあたりを勉強しながら tweet したものを集めました。 The grammar of graphics と オブジェクト指向グラフシステム 14:18 ggplot2が不自由なのでちゃんと勉強するわ... # 15:13 ggplot2 は「グラフはオブジェクト指向で書けるよ」と言った Wilkinson, L.: The Grammar of Graphics の実装なのか。グラフの表現は composite pattern っぽいし、レイヤーを重ねていくところは builder っぽい。 # 15:18 Grammar of Graphics では、Object oriented graph system (OOGS) を提案している。OOGSでは、グラフ作成には specification, assembly, display の3つのステージがある、とする # 15:23 グラフというのは(写真やビデオ)のような自然画像と違い、少ないルールの組み合わせから構成されている。これを指定するのが specification というステップ。 # 15:26 グラフ自体がグラフの組み合わせで構成されている場合もある。グラフのコンポーネント(あるいはレイヤー)を組み立てるステップが assembly # 15:27 グラフを display や画像、ビデオなどに出力するステップが display となる # 15:29 ggplot2 の場合は、assembly のステップが builder pattern のようにオブジェクトを + 演算子で加えていく部分になる。display の部分は単に print() になるんだね。 # グラフを specification するルールとは 15:33 さて、グラフにおいて、specification すべきルールってなに? って話になる。The grammar of graphics では 6つの statement から構成される、としている。 # 15:33 ここでミーティングの時間になってしまったので続きはあとで... # 19:26 ミーティングおわた #...

さて、新しいおもちゃを手に入れたら、遺伝子発現データベースを作ってみるというのは定石(主に俺の)なので、作ってみました。 SQLite に発現データをつっこんだデータを RSQLite で取り出して、ggplot2 でプロットし、brew でHTMLを出力しています。 Amazon EC2 上で動作しています。ggplot2 の描写が遅いため、かなりもっさりしていますねー。Amazon EC2 Small Instance は Xeon 1.0-1.2 GHz, 1.7 GB memory 相当らしいです。ggplot2 で画像を on the fly 生成するのは現実的ではなさそうですね。plot() などを使うか、Google Chart API を使うのが現実的かもしれません。また、時間があるときに、plotrix などほかのライブラリと速度の比較をしてみたいです。 Simple Gene Expression Database (R + Rapache + Brew + RSQLite + ggplot2 on Amaozn EC2) なんだか、 Brew, Rapache のなかのひとに褒められた .../// ちなみに、Amazon EC2 で一日 Ubuntu を動かしていると、 このぐらいの料金 になりました。 そのうち github にコードをアップしておきたいと思います。 参考: Ruby on Rails + Gruffを使って、11分で作る遺伝子発現データベース Google App EngineとChart APIを使って簡単な遺伝子発現データベースを作ってみた