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R/Bioconductor のパッケージ作成に役立つリンク集

From Evernote:

R/Bioconductor のパッケージ作成に役立つリンク集
R や Bioconductor のパッケージ作成について、参考になりそうなリンク集を集めました。

Creating R Packages: A Tutorial
Rパッケージ作成に関するチュートリアルのテキスト。これを一通りやれば作れるようになる。S3, S4 classes についても書いてある。R5 classes については書いてない。

Building Packages
http://www.bioconductor.org/help/course-materials/2010/AdvancedR/BuildPackage.pdf
R packages 作成に必要な基礎知識をまとめた資料。プレゼン形式なので要点がまとまっていて読みやすい。BioC について一部書いてある。

Building Packages: Self-Study Exercises
同じく Wong さんの資料。パッケージ作成の演習問題。

Seminar III: R/Bioconductor
これもBioCライブラリ作成のレクチャー資料。プレゼン形式。要点がまとまっていてよい。

Authoring R Packages
Rパッケージの仕組みについてのレクチャーの資料。プレゼン形式。BioCについては書いてない。

Bioconductor Developers 
BioCの公式文章がいろいろある。

Writing R Extensions
http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html
R拡張の公式文章。namespace とかの話は知っていること前提になるので、これを読んでおこう。

良質な R package のコードを読むよ
拙著。BioCのパッケージガイドラインの貴重な日本語解説:)
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コメント

  1. 匿名2011/11/21 1:11:00

    二階堂さん
    はじめまして。私は東京医科歯科大学大学院の博士課程1年の学生です。
    KNOBを使ってバイオインフォマティクスを習得したいと思い、「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」を購入しましたが、付属のDVDがうまく起動しません。Mac OS Xだとやはり起動しないものなのでしょうか。
    今持っているMacBookにはwindowsマシンは入っておりません。
    ブログ上で恐縮ですが、アドバイスを頂けますと幸いです。
    どうぞ宜しくお願い致します。

    返信削除
  2. Unknown2011/11/21 2:26:00

    無償のVMware Playerをインストールしてその上で動かしてみてください。これが1番簡単です。

    返信削除
  3. 匿名2011/11/22 22:09:00

    コメントどうもありがとうございます。
    昨日今日と、VMware Player、VMware fusion3の無償評価版など試してみたのですが、今持っているMacBookだといずれも対応不可であることがわかりました。
    しばらくはできる範囲でwebからダウンロードする方法でやっていこうと思います。迅速なアドバイス、どうもありがとうございました。

    返信削除

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