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ラベル（rapache）が付いた投稿を表示しています

rapache, brew でライブラリを使うよ

rapache, brew から Rのライブラリを使うには、apache の設定を以下のようにする。具体的にはggplot2 と RSQLite を読み込んでます。3行目が肝心なところ。 sudo jed /etc/apache2/mods-available/R.conf [code] <IfModule mod_R.c> ROutputErrors REvalOnStartup "library(ggplot2); library(RSQLite)" <Location /RApacheInfo> SetHandler r-info </Location> </IfModule> [/code] ブログに書いていないところはみごとに忘れるわ。。。
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R + Rapache + brew + ggplot2 + RSQLite で作る遺伝子発現データベース

さて、新しいおもちゃを手に入れたら、遺伝子発現データベースを作ってみるというのは定石(主に俺の)なので、作ってみました。 SQLite に発現データをつっこんだデータを RSQLite で取り出して、ggplot2 でプロットし、brew でHTMLを出力しています。 Amazon EC2 上で動作しています。ggplot2 の描写が遅いため、かなりもっさりしていますねー。Amazon EC2 Small Instance は Xeon 1.0-1.2 GHz, 1.7 GB memory 相当らしいです。ggplot2 で画像を on the fly 生成するのは現実的ではなさそうですね。plot() などを使うか、Google Chart API を使うのが現実的かもしれません。また、時間があるときに、plotrix などほかのライブラリと速度の比較をしてみたいです。 Simple Gene Expression Database (R + Rapache + Brew + RSQLite + ggplot2 on Amaozn EC2) なんだか、 Brew, Rapache のなかのひとに褒められた .../// ちなみに、Amazon EC2 で一日 Ubuntu を動かしていると、 このぐらいの料金 になりました。 そのうち github にコードをアップしておきたいと思います。 参考: Ruby on Rails + Gruffを使って、11分で作る遺伝子発現データベース Google App EngineとChart APIを使って簡単な遺伝子発現データベースを作ってみた
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Rapache (mod_r) を使って R で CGI を書くよ。テンプレートエンジンBrew編

前回は寧n、いえ、なんでもないです、前回のコードでは、cat() を使ってがんばってHTMLタグを出力していました。これは気持ち悪いです。RのコードとHTMLのコードを分けておかないと、どちらかに変更があった場合に、お互いの影響に配慮しながら修正をしなければならなくなります。これは面倒ですね。 こんなときは、テンプレートエンジンを使って、HTMLを作る部分とRのコードをなるべく分けるのが良いですね。R にも Ruby でいうところの erb のようなテンプレートエンジンがあります。今回は、 brew というテンプレートフレームワークを使います。 brewのインストールと設定 まず brew をインストールします sudo R install.pakcages("brew") q() 次に apache の設定をします。 sudo mkdir /var/www/brew sudo jed /etc/apache2/sites-available/default RHandler に brew を設定します。 [html] # brew <Directory /var/www/brew> #SetHandler r-handler SetHandler r-script RHandler brew::brew </Directory> [/html] brew で実装し仕直す 前回のコードを brew を使って書き直してみます。まずメインのコードです。 cd /var/www/brew sudo jed index.r ほぼHTMLですね。プロット部分を別なファイル hist.r に追い出しています。brew() でこれを読み込みます。 [html] <% setContentType('text/html') %> <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd...
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Rapacheを使ってRでCGI を書くよ。グラフ画像出力編

前回のつづきです。前回は rapache の設定と簡単なCGIを作ってみました。今度は画像を出力して表示する CGI を作ります。内容は、乱数を適当に作ってヒストグラムを作画するCGIです。画像はランダムなファイル名で保存します。 [html] # Functions header <- function(contenttype) { setContentType(contenttype) } html.head <- function(content) { cat("<head>\n") cat(content) cat("</head>\n") } html.body <- function(content) { cat("<body>\n") cat(content) cat("</body></html>\n") } randomFileName <- function(prefix, postfix) { filename <- paste( prefix, ...
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Rapache (mod_r) を使って R で CGI を書くよ。Hello, World編

みなさん、こんばとらー。仕事で遺伝子発現データベースを作っているのですが、表示するグラフが Pixiv が保有する全イラスト数である490万枚 (2009/06発表) を越えてしまいました、やりました!(なにが? 所内の内部向けなので、PVが数百ですがw むこうは2億PV。 画像を吐くために Sun Grid Engine で PC クラスタをぶんまわしたりしています、頭わるいですね。数値データをグラフにするだけなので、WWWサーバで on the fly でグラフを描画すべきなのですが、サーバが Celeron, メモリ 800MB というという有様だったので躊躇していました。今回は新しいサーバに引っ越したので、R で on the fly 描画にトライしたいと思います。 まずは mod_R, いわゆる rapache というまぎらわしい名前のパッケージをセットアップし動作するところまでやってみましょう。環境は Ubuntu 9.10 です。 rapache のインストール まず、R を apt の source list に入れる。これで apt で最新の R を入れ放題。 deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu intrepid/ 次に rapache と関連パッケージを入れます。 apt-get install r-base-dev apache2-mpm-prefork apache2-prefork-dev wget http://biostat.mc.vanderbilt.edu/rapache/files/rapache-latest.tar.gz rapachedir=`tar tzf rapache-latest.tar.gz | head -1` tar xzvf rapache-latest.tar.gz cd $rapachedir ./configure make sudo make install rapacheの設定 それでは Apache の設定をしましょう。最近は Ruby on Rails を使うので Apache の設定はひさしぶりです。 sudo emacs -nw /etc/apache2/mods-available/R.load [html]...
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