!RでCGIを書いてみる

みなさん、こんばとらー。仕事で遺伝子発現データベースを作っているのですが、表示するグラフが Pixiv が保有する全イラスト数である490万枚 (2009/06発表) を越えてしまいました、やりました!(なにが? 所内の内部向けなので、PVが数百ですがw むこうは2億PV。

画像を吐くために Sun Grid Engine で PC クラスタをぶんまわしたりしています、頭わるいですね。数値データをグラフにするだけなので、WWWサーバで on the fly でグラフを描画すべきなのですが、サーバが Celeron, メモリ 800MB というという有様だったので躊躇していました。今回は新しいサーバに引っ越したので、R で on the fly 描画にトライしたいと思います。

まずは mod_R, いわゆる [[rapache|http://biostat.mc.vanderbilt.edu/rapache/]] というまぎらわしい名前のパッケージをセットアップし動作するところまでやってみましょう。環境は Ubuntu 9.10 です。

まず、R を apt の source list に入れる。これで apt で最新の R を入れ放題。
deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu intrepid/

次に rapache と関連パッケージを入れます。
apt-get install r-base-dev apache2-mpm-prefork apache2-prefork-dev
wget http://biostat.mc.vanderbilt.edu/rapache/files/rapache-latest.tar.gz
rapachedir=`tar tzf rapache-latest.tar.gz | head -1`
tar xzvf rapache-latest.tar.gz
cd $rapachedir
./configure
make
sudo make install

それでは Apache の設定をしましょう。最近は Ruby on Rails を使うので Apache の設定はひさしぶりです。
sudo emacs -nw /etc/apache2/mods-available/R.load
LoadModule R_module /usr/lib/apache2/modules/mod_R.so

sudo emacs -nw /etc/apache2/mods-available/R.conf
<<<
ROutputErrors

SetHandler r-info


>>>
cd /etc/apache2/mods-enabled
sudo sudo ln -s ../mods-available/R.load
sudo sudo ln -s ../mods-available/R.conf

Apache を再起動する。
sudo /etc/init.d/apache2 restart
* Restarting web server apache2
apache2: Could not reliably determine the server's fully qualified domain name, using 127.0.1.1 for ServerName
... waiting apache2: Could not reliably determine the server's fully qualified domain name, using 127.0.1.1 for ServerName
...done.

これで apache の設定は完了。

http://localhost/RApacheInfo/
にアクセスするとサーバーの状態が表示されます。
http://img.skitch.com/20100207-d368ma1y38tus8pdneghd9t1c6.jpg

さっそく、Hello, world しましょう。

まずは Apache の設定をします。
sudo jed /etc/apache2/sites-available/default
# rapache

SetHandler r-handler
RFileHandler /var/www/R/test.R


sudo mkdir /etc/www/R
sudo mkdir /etc/www/rapachetest
cd /etc/www/R

Hello, world のコード書きます。

sudo jed test.R
# Functions
header <- function() {
setContentType("text/html")
}
html.head <- function(content) {
cat("\n")
cat(content)
cat("\n")
}
html.body <- function(content) {
cat("\n")
cat(content)
cat("\n")
}

# Main
header()
html.head("")
html.body("Hello, world!\n")

以下にアクセスします。
http://localhost/rapachetest/

http://img.skitch.com/20100207-842sc1fa5upns1wrgrfcuj6n5b.jpg

これで終了です。今回は rapache の設定と hello, world をやってみました。次回はグラフを画像を吐いてみます。