スキップしてメイン コンテンツに移動

!研究系

執筆中...

初代MacBook Proハードディスクを交換して、まっさらな状態でLeopardをインストールした。以前書いた再セットアップの手順の情報がだいぶ古くなっていたので書きなおしてみた。

以下を参考に。精密ドライバーとトルクスドライバー(T6)をお忘れなく。上部パネルを外すのに苦戦するが、奥側をほとんど浮かせないようにしながら手前側から外していくとよい。普通のパソコン屋とかには置いてない可能性が高い。ソフマップとかになかった。東急ハンズだと確実に手に入ると思うよ。

{{amazon 'B00102CXJS

http://mac.ascii24.com/mac/review/portable/2006/03/15/661126-000.html

#Leopard DVDを入れてCを押しなから起動。
#メニューからディスクユーティリティを開いて、消去タブからディスクをフォーマットする。
あとはウィザードに従うだけ。

#LeopardのDVDからXcodeをインストール。X11は最初から入っているんだね。
#システム設定を起動
##キーリピートを最速にする。マウスを最速にする。
##共有からコンピュータ名を変更する。リモートログインを有効にする。
##スクリーンセーバーを設定し、ホットコーナーで起動できるようにする。
##セキュリティからスクリーンセーバーやスリープからの復帰にパスワードを要求するように設定する。
##日付と時刻で「表示する場所」を「ウィンドウ」にする。「秒を表示」
##Spotlightの環境設定からキーボードショートカットはオフにする。emacsやjedのC-spaceとかぶるから。
#ソフトウェアアップデートをかける。
#apacheへのアクセスをフィルタリングする。
#デュアルディスプレイの設定。外部モニタを90度回転させる。

#[[FireFox|http://www.mozilla-japan.org/products/firefox/]]
##ホームページをabout:blankにする。
##ダウンロード先を~/Downloadsに変更する。
##各種ブックマークレットとブックマークの設定
###[[Gmail|https://mail.google.com/mail/]]
###[[Google Calendar|https://calendar.google.com/]]
###[[RTM|http://www.rememberthemilk.com/]]
###[[はてブ|http://b.hatena.ne.jp/ichan/]]
###[[Google Scholar|http://scholar.google.com/]]
###[[Entrez cross-database search|http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi?itool=toolbar]]
###[[Evernote|http://www.evernote.com/]]
###[[Native Checker|http://native-checker.com/]]
###[[EReK|http://erek.ta2o.net/]]
###[[Tumblr|http://tumblr.com]]
#拡張機能
##Google browser sync
##google toolbar for firefox
##[[Tab Mix Plus|https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/1122]]
##[[Tags Everywhere|https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/4196]]
##[[Google gears|http://gears.google.com/]]
##[[RTM for Gmail|http://www.rememberthemilk.com/services/gmail/]]
##[[Better Gcal|https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/5299]]
##[[dragdropupload|https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/2190]]
##[[Flip4mac|http://www.flip4mac.com/]]
#greasemonkey関連
##[[AutoPagerize|http://userscripts.org/scripts/show/8551]]
##[[Minibuffer|http://userscripts.org/scripts/show/11759]]
##[[LDRize|http://userscripts.org/scripts/show/11562]]
##[[Minibuffer Bookmark Command|http://userscripts.org/scripts/show/14490]]
##[[LDRize Mibuffer tumblr reblog command|http://userscripts.org/scripts/show/12305]]
##[[LDR - Dedupe Entries|http://userscripts.org/scripts/show/12248]]
##[[Amazonウィッシュリストにブックオフオンラインの中古価格を表示するGreasemonkey|http://d.hatena.ne.jp/drillhands/20080110/1199948633]]
##[[LDR Full Feed|http://userscripts.org/scripts/show/22702]]
##[[livedoor Readerにdel.icio.usのブックマーク数を表示するGreasemonkeyスクリプト|http://la.ma.la/blog/diary_200703221812.htm]]
(追記予定)

==Gmail を等幅フォントにする。== Gmail Labsを使えばこれはもういらない
$ cd /Users/itoshi/Library/Application Support/Firefox/Profiles/(任意の英数文字).default/chrome
$ emacs userContent.css
@-moz-document domain(mail.google.com) {
div[class="mb cb"] {
font-family: monospace !important;
font-size: 12px !important;
line-height: 18px !important;
}
textarea {
font-family: monospace !important;
}
}

#[[Dolipo|http://drikin.com/dolipo/]]
##Firefoxのproxyを127.0.0.0:8123にする。http, httpsだけ。
#Ustream.tv用に[[CamTwist|http://allocinit.com/index.php?title=CamTwist]]
#[[LimeChat for OSX|http://limechat.sourceforge.net/index_ja.html]]。Ustのchat用に。
#Twitterクライアント、[[P3:PeraPeraPrv|http://d.hatena.ne.jp/lynmock/20071107/p2]]
#[[Skype|http://www.skype.co.jp/]]。ダウンロードが遅すぎ!!!
#[[Chicken of the VNC|http://sourceforge.net/projects/cotvnc/]]

#[[Expogesture|http://ichiro.nnip.org/osx/Expogesture/index.html]]を入れて、起動項目へ。
#[[Quicksilver|http://www.blacktree.com/]]を入れて、起動項目へ。Crtl + Enterにする。
#[[keyremap4macbook|http://www.pqrs.org/tekezo/macosx/keyremap4macbook/]]を入れる。Emacs modeの Ctrl + PNBF, AEを有効。

tDiaryはEvernoteに以降したので必要ないかも。過去ログを見るためだけに作業する感じ。
#tDiaryをいれて作業ログが残せるようにする。
##htpasswdでパスワードを作成。
##.htaccessでBasic認証を設定する。
##/etc/apache2/users/xxx.confでCGIの実行を設定する。
##skel/update.rhtmlのaccesskeyを削除する
##chmod -R a+w /Users/itoshi/Diary/
##attach.rb やらrast-search.rbやらなにやらコピー
##skel/update.rhtmlだったかのrowsを25にする
#[[Carbon Emacs|http://homepage.mac.com/zenitani/emacs-j.html]]をインストールする。
#[[CotEditor|http://www.aynimac.com/p_blog/files/article.php?id=41]]
#[[Slife|http://www.slifelabs.com/]]
#[[FreeMind|http://freemind.sourceforge.net/]]
#[[Evernote|http://evernote.com]]のクライアント
#[[RescueTime|http://www.rescuetime.com/]]のクライアント
#[[Skitch|http://skitch.com/]]のクライアント、Flickrへのアップロードの設定をしておく。

#Spirited Away
#[[Terminal Here Plugin|http://www.pyehouse.com/lynn/termopen.php]]を入れる。
#[[Google Earth|http://earth.google.com/]]
#[[Audacity|http://audacity.sourceforge.net/]]
#[[LameLib|http://spaghetticode.org/lame/]]
#[[AquaSKK|http://aquaskk.sourceforge.jp/]], [[SKK-JISYO.L|http://openlab.jp/skk/skk/dic/]]
#[[Gmail Notifier|http://toolbar.google.com/gmail-helper/download.php?os=Mac&submit=Download+Gmail+Notifier]]
#[[iStat|http://www.islayer.com/index.php?op=item&id=28]]
#[[gyazo|http://gyazo.com/]]
#[[SynergyKM|http://sourceforge.net/projects/synergykm]]
#[[QTCoffee|http://www.3am.pair.com/QTCoffee.html]]
#[[Google Desktop|]]

#MS Office 2008 をいれる
#iWorks 08を入れる。
##Kyenoteあたりをたちあげて、ユーザ登録とソフトウェアアップデートをしておくこと。
#iLife 08を入れる、ソフトウェアアップデートする。
#Adobe CS3
#OmniGraffle
##一度起動してライセンスを入力しておくこと

rootのパスワードがわかんない、とか言ってあたふたしない。Mac OS Xではrootにはパスワードはない。自分のアカウントでsudoするべし。

ターミナルをzshに変更、フォントをOsaka等幅10pt、アンチエイリアスを有効にする。エミュレーションで非アスキーほげほげのチェックを外す。ワイドグリフは2桁とカウントするにチェック、あとはそのままに。

バックアップ先からドットファイル系を~/にコピー。~/.zsh* ~/.emacs* ~/.screenrc

X11を起動して, preference -> input -> Follow system keyboard layout のチェックをはずす。

MacPorts
sudo port install jed
sudo port install nkf
sudo port install lftp w3m
sudo port install sqlite3
sudo port install lcab cabextract
sudo port install apr db rast
sudo port install ImageMagick

#Ruby1.8系にする
#Carbon Emacs
##ESSの設定とかいろいろ
#TextMate
#Google Data API client
#Google App Engine
#git (tar ballから入れた気がするけど思い出せない)

Rails 2.0
sudo gem install rubygems-update
sudo gem install rails -y

#Parallels
#VMware Fusion

#EndNote
#R.app
#[[ライフサイエンス辞書|http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/]]をインストール
#BioConductor
#Cytoscape
#Graphviz (GUI)
#BioRuby
#EMBOSS
##emboss.default
#Matlab
#Mathematica
#TeX関連
##[[TexShop|http://www.uoregon.edu/~koch/texshop/]]
##[[pTeX(sjis) + JMacoros package for MacOSX (ppc/intel)|http://www2.kumagaku.ac.jp/teacher/herogw/]]

コメント

このブログの人気の投稿

シーケンスアダプタ配列除去ツールまとめ

FASTQ/A file からシーケンスアダプター配列やプライマー配列を除くためのプログラムをまとめてみる。 まず、配列の除去には大別して2つの方向性がある。ひとつは、アダプター配列を含む「リード」を除いてしまう方法。もうひとつは除きたい配列をリードからトリムする方法である。後者のほうが有効リードが増えるメリットが、綺麗に除ききれない場合は、ゲノムへのマップ率が下がる。 気をつける点としては、アダプター/プライマーの reverse complement を検索するかどうか。paired end の際には大事になる。クオリティでトリムできるものや、Paired-end を考慮するものなどもある。アダプター/プライマー配列の文字列を引数として直接入力するものと、multi fasta 形式で指定できるももある。 From Evernote: シーケンスアダプタ配列除去ツールまとめ TagDust http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/nexalign-1.3.5.tgz http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/21/2839.full インストール: curl -O http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/tagdust.tgztar zxvf tagdust.tgz cd tagdust/ make sudo make install rehash 使いかた: tagdust adapter.fasta input.fastq -fdr 0.05 -o output.clean.fastq -a output.artifactual.fastq 解説: 入出力形式は fastq/a が使える。リード全体を除く。速い。アダプター配列を fasta 形式で入力できるのが地味に便利で、これに対応しているものがなかなかない。Muth–Manber algorithm (Approximate multiple

ChIP-seq の Peak calling tool を集めたよ

ほかにもあったら教えてください。プログラム/プロジェクト名がツールのプロジェクトサイトへのリンク。その論文タイトルは論文へのリンクになっています。 ツール名の50音順です。 CCCT -  A signal–noise model for significance analysis of ChIP-seq with negative control , chipdiff と同じグループ CisGenome -  CisGenome: An integrated software system for analyzing ChIP-chip and ChIP-seq data . ChromSig -  ChromaSig: a probabilistic approach to finding common chromatin signatures in the human genome. ChIPDiff -  An HMM approach to genome-wide identification of differential histone modification sites from ChIP-seq data ChIP-Seq Analysis Server FindPeaks -  FindPeaks 3.1: a tool for identifying areas of enrichment from massively parallel short-read sequencing technology. Version 4.0 is out. GLITR -  Extracting transcription factor targets from ChIP-Seq data HPeak -  HPeak: an HMM-based algorithm for defining read-enriched regions in ChIP-Seq data MACS -  Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS). PeakSeq -  PeakSeq enables systematic scoring of ChIP-seq experimen

ふりかえり

2013年4月に独立して7年目が終わろうとしている。ざっくりこれまでの研究を振り返る。 2013年から2017年の4年はフルスタックのゲノム科学、ゲノムインフォのラボを立ち上げることに集中していた。しかも人様が作った技術のユーザとして研究するのではなく、新しい技術を開発できるラボを目指した。ウェットの開発については、ドライのPIであっても本物を創りたいと考えたので世界最強や唯一の技術を目指した。特に1細胞ゲノム科学に注力した。そのためにまずグラントを取り仲間を集め技術を作った。幸いウェットは元同僚を中心に、ドライはドクター新卒の優秀な人材に囲まれた。並行して開発した実験やデータ解析技術を応用するため、データ生産や共同研究を支えるチームも作った。 2015年ぐらいからドライの論文が少しずつ出始め、2018年にはウェットのフラッグシップとなる技術RamDA-seqとQuartz-Seq2の2つ出版された。2021年1月現在、これらはそれぞれ世界唯一と世界最高性能の2冠である。これが達成できた大きな理由のひとつは、反応原理を徹底的に理解し制御するというチームやそのメンバーの特性にある。ここは世界最高レベルだと確信している。 2017-2018年はラボの移転がありウェットの開発や実験が大きく停滞した。その間ドライのチームががんばってくれて2019-2020年にはドライ研究の収穫の時期がきた。またRamDA-seqの試薬キット化・装置化、Quartz-Seq2とそのデータ解析技術での起業、実験試薬や道具の上市など社会実装の年でもあった。実験が少なくなった分、ウェットのメンバーの解析技術がかなり向上した時期でもある。これはウェットとドライがうまくコミュニケーションできる証拠でもある。 2019-2020年はウェット技術のフラッグシップを駆使した共同研究がいくつか花咲いた。主に「再生医療分野」への応用と「細胞ゆらぎと転写制御の謎」に迫る基礎的なテーマが対象で、もともと1細胞ゲノム科学を始めたときに目標としたものだった。 並行してゲノムデータの科学計算環境のインフラ開発に注力してきた。beowulf型PCクラスタからクラウドの移行やハイブリッド化、DevOpsによる自動構築、ワークフロー言語の導入、動的レポート生成などの導入・開発を行いこれらを日常的に使うラボになった。これらはNI