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「{{isbn '4501622601'}}」読者プレゼントしますよ!

このブログを読んでくれている,みなさまに素敵なお知らせ(かどうかわからんが)! 2/27に発売になる「{{isbn'4501622601」を2名様にプレゼントします.

*募集期間: 2008/02/19 - 2008/02/27 23時59分
*応募資格: 誰でも.ただしブログに感想を書いてね.
*応募方法: あなたのブログやWeb日記など公に誰もがアクセスできるところに『オープンソースで学ぶバイオインフォマティクスほしい』という文字列を含んだエントリを書き、この記事にトラックバックしてください。トラックバックのURLは http://itoshi.tv/d/tb.rb/20080219 です.トラックバックできない方はコメント欄にエントリのURLを書いてくださってもかまいません。はてなダイアリーではないので「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクスほしい」と書いただけでは応募にはなりません.
*抽選方法: 2008/03/03に、トラックバックとコメントの中からランダムに2個のエントリを抽出します。トラックバック,コメントの先着順がIDになり,それをRのsample関数でランダム抽出します.

例: 応募者10人で1番と7番が当選.
<<<
$ R --vanilla -e 'sample(10)[1:2]'
> sample(10)[1:2]
[1] 1 7
>
>>>

*当選者への連絡: ブログのプロフィール等から連絡先が分かった場合には、3月3日に、dritoshi at gmail dot comからメールを送らせていただきます。連絡先が見つからなかった場合には、同日に該当エントリーに、コメントを残します。
*送付: 当選者には3月中に書籍を送付いたします。遅くなりますが、ご容赦ください。発送先は日本国内に限定させていただきます。
*提供: 俺

上の文章の一部はhttp://blog.masuidrive.jp/articles/2006/03/26/present-ajax-bookからぱくりましたw

このブログのRSSを登録しているひとの数ですがLDRで126人, Google Readerで83人, はてなRSSが37人,はてなアンテナが49, Bloglineが57人.Google Analytics によるとサーチエンジン経由でなくこのブログにアクセスしている人のうちサーチエンジン経由でないひとは50人ぐらい.のべで402人.重複もしているでしょうし,RubyやRのネタに興味がある人でバイオな人はそんなにいない気がします.たぶん応募者2名とかで全プレ状態か,誰も応募がなくて「スタッフがおいしく頂きました」状態になる気がしますので当選率は高いと思います.気軽にどうぞ.

トラバとかうまくいかない場合は言ってください.俺の設定ミスかもしれないので.

追記: ==やっぱりトラックバックの設定がおかしいな.なんでだろう.== トラックバックができるようになりました.もう一度トライしてみてください.あと,あなたのエントリにhttp://itoshi.tv/d/?date=20080219 というリンクが入っていないとトラックバックがされませんよ.

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FASTQ/A file からシーケンスアダプター配列やプライマー配列を除くためのプログラムをまとめてみる。 まず、配列の除去には大別して2つの方向性がある。ひとつは、アダプター配列を含む「リード」を除いてしまう方法。もうひとつは除きたい配列をリードからトリムする方法である。後者のほうが有効リードが増えるメリットが、綺麗に除ききれない場合は、ゲノムへのマップ率が下がる。 気をつける点としては、アダプター/プライマーの reverse complement を検索するかどうか。paired end の際には大事になる。クオリティでトリムできるものや、Paired-end を考慮するものなどもある。アダプター/プライマー配列の文字列を引数として直接入力するものと、multi fasta 形式で指定できるももある。 From Evernote: シーケンスアダプタ配列除去ツールまとめ TagDust http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/nexalign-1.3.5.tgz http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/21/2839.full インストール: curl -O http://genome.gsc.riken.jp/osc/english/software/src/tagdust.tgztar zxvf tagdust.tgz cd tagdust/ make sudo make install rehash 使いかた: tagdust adapter.fasta input.fastq -fdr 0.05 -o output.clean.fastq -a output.artifactual.fastq 解説: 入出力形式は fastq/a が使える。リード全体を除く。速い。アダプター配列を fasta 形式で入力できるのが地味に便利で、これに対応しているものがなかなかない。Muth–Manber algorithm (Approximate multiple

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