Hacking is believing

研究絡みの公式アナウンスはラボのウェブサイトに書くようになったのでこっちはプライベートなことを書いていくことにする。あくまで自分用のメモとして。

Apple watch 4を買った。腕になんにかをつけて生活するのは20年ぶりぐらいでは?

目的はライフログの取得とポモドーロテクニックのアプリを使うこと、Suicaや電子マネーをつかうこと。

想定していなかった良い副作用がいくつかあった。まず、時間を知りたいときスマホを出さなくなったことで、無駄にスマホのアプリを使わなくなった。次に大切な電話やslackをみのがさなくなった。

一日の運動量が足りないとき、アクティビティがアラートしてくれることで、ちょっと遠回りしたり、ひと駅前で降りたりするようになったのも、想定外のメリットだった。

朝の天気チェックはスマートスピーカーを使っていたが、話しかけずに腕に勝手に天気が表示されているのも意外と便利。

プレゼン中の時間管理も正確になった。いままでスマホでやっていたが、プレゼン中に画面がロックされ、それを解除すると集中が切れる。ロックしないように設定すると日々バッテリー不足に悩まされる。Apple watch なら腕を見れば経過時間が一瞬でわかる。

バッテリーが持たないのでいつ充電するか迷うと思ったが、夜に風呂入ってベットに入るまでで充分だった。もう少し早めに買えばよかった。

最近の研究活動については、以下で紹介しています。

理化学研究所 バイオインフォマティクス研究開発ユニットのお知らせページ二階堂愛のウェブサイト

次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY
二階堂　愛／編 定価 5,500円＋税
2014年08月 発行 B5判 404ページ
ISBN 978-4-7581-0191-2

エキソームやエピゲノムや1細胞RNA-Seq など、医療現場から非モデル生物，生物資源まで各分野の現場で実際に使えるプロトコールやテクニックを集めました。論文には書いていないコツなども満載。ぜひ手に取ってみてください。感想もお待ちしております。

環境はOS Xです。

1. vagrant を dmg ダウンロードし、インストールする。
簡単。
http://www.vagrantup.com/

2. vargrant をセットアップする
aws にプロビジョニングできるプラグインをインストールする。
$ vagrant plugin install vagrant-aws

AMIを起動するとは言え、ダミーの仮想マシンが必要。ちょっとわかりにくい。
$ vagrant box add dummy https://github.com/mitchellh/vagrant-aws/raw/master/dummy.box

3. Vagrantfile を作る
Bioconductor 公式のBioC-Devel入りの AMI を利用する。リージョンはバージニアだけ。知る必要はないがアカウント名は root です。

まず適当なディレクトリを作る。
$ mkdir bioc-devel
$ cd bioc-devel

初期化する。
$ vagrant init

Vargrantfile にいろいろ書く。
$ jed Vargrantfile
# -*- mode: ruby -*-
# vi: set ft=ruby :

require 'yaml'
require 'pp'

aws_conf = YAML.load_file('./.aws.yaml')
# pp aws_conf

VAGRANTFILE_API_VERSION = "2"
Vagrant.configure(VAGRANTFILE_API_VERSION) do |config|
  config.vm.box = "dummy"

  config.vm.provider :aws do |aws, override|
    aws.access_key_id        = aws_conf['access_key_id']
    aws.secret_access_key    = aws_conf['secret_access_key']
    aws.keypair_name         = aws_conf['keypair_name']

 …

今年度の代表を務めた「次世代シークエンサー現場の会」が無事終了しました。

有能なスタッフや、素晴しい講演をして頂いた演者のみなさま、会を支えてくれた50に迫るスポンサー企業、そして参加者のみなさまのおかげで非常に盛り上がりました。最終的に、研究者・技術者、医療従事者、企業の方など700人が一同に介し、活発な議論をして頂けました。ありがとうございました。これから様々な事後処理がありますが、がんばっていきましょう > スタッフ来年は新しい運営体制で東京で実施する予定です。では来年!NGS現場の会: http://ngs-field.org/

DNAをPCR法で増幅するために必要なサーマルサイクラーを自作してみました。自作と言っても、いわゆる、PCの自作と同じでパーツを組み立てていく感じです。購入から組み立ての様子を簡単に紹介します。モチベーション ラボには様々なレクリエーションがあります。例えば、単にどこかに遊びに行ったり、スポーツ大会したり、ひたすら合宿形式でプログレスのプレゼンをするミーティングするなどがあります。それもよいのですが、せっかくなので、普段の研究時間ではトライできないが、研究に関わる hack を行う、というイベントを企画してみました。夏休みの自由研究や社会科見学的なノリです。 うちのラボでは、PCRを使ったウェットの実験技術の開発をしてきました。しかし、サーマルサイクラーのハードウェアの仕組みを体験的に理解している訳ではありません。そこで、サーマルサイクラーを作ってみました。 欧米で始まっている、自宅のガレージやキッチンでバイオロジーを行うムーブメント、バイオパンク、DIYbio を体験しておきたいというのもありますし、Arduino などオープンハードウェア、Maker のムーブメントを体験するのも目的の一つです。ハードウェア開発が思っているほどハードルが下っていることを体験できて、かつ、将来、ウェットの開発だけでなく、装置開発などもできたら、ラッキー、ぐらいの気持ちでやってみました。 購入 今回作ったのは、組み立て式で、かつ、仕様などや設計図が公開されているOpenPCRというサーマルサイクラーです。ハードウェアの仕様・設計図、制御ソフトウェアなどの情報がすべて公開されており、部品からも自作することが可能です。今回は、「設計図から部品や回路のパーツを作り、それらを組み立てる直前のもの」を購入しました。 ChaiBio https://www.chaibio.com/ OpenPCR https://www.chaibio.com/products/openpcr なぜか http://openpcr.org/ で購入できなかったので、eBay にある ChaiBio で買いました。 OpenPCR - eBay http://www.ebay.com/itm/111096418574 本体価格は $599 で、送料が $76.05 で、輸入費用が $41.55 でした。合計 $716.6 だったので、日…