Hacking is believing

次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY 二階堂　愛／編 定価 5,500円＋税 2014年08月 発行 B5判 404ページ ISBN 978-4-7581-0191-2 エキソームやエピゲノムや1細胞RNA-Seq など、医療現場から非モデル生物，生物資源まで各分野の現場で実際に使えるプロトコールやテクニックを集めました。論文には書いていないコツなども満載。ぜひ手に取ってみてください。感想もお待ちしております。

環境はOS Xです。 1. vagrant を dmg ダウンロードし、インストールする。 簡単。 http://www.vagrantup.com/ 2. vargrant をセットアップする aws にプロビジョニングできるプラグインをインストールする。 $ vagrant plugin install vagrant-aws AMIを起動するとは言え、ダミーの仮想マシンが必要。ちょっとわかりにくい。 $ vagrant box add dummy  https://github.com/mitchellh/vagrant-aws/raw/master/dummy.box 3. Vagrantfile を作る Bioconductor 公式のBioC-Devel入りの AMI を利用する。リージョンはバージニアだけ。知る必要はないがアカウント名は root です。 まず適当なディレクトリを作る。 $ mkdir bioc-devel $ cd bioc-devel 初期化する。 $ vagrant init Vargrantfile にいろいろ書く。 $ jed Vargrantfile # -*- mode: ruby -*- # vi: set ft=ruby : require 'yaml' require 'pp' aws_conf = YAML.load_file('./.aws.yaml') # pp aws_conf VAGRANTFILE_API_VERSION = "2" Vagrant.configure(VAGRANTFILE_API_VERSION) do |config|   config.vm.box = "dummy"   config.vm.provider :aws do |aws, override|     aws.access_key_id        = aws_conf['access_key_id']     aws.secret_access_key  ...

今年度の代表を務めた「次世代シークエンサー現場の会」が無事終了しまし た。 有能なスタッフや、素晴しい講演をして頂いた演者のみなさま、会を支えてくれた50に迫るスポンサー企業、そ して参加者のみなさまのおかげで非常に盛り上がりました。最終的 に、研究者・技術者、医療従事者、企業の方など700人が一同に 介し、活発な議論をして頂けました。ありがとうございました。 これから様々な事後処理がありますが、がんばっていきましょう > スタッフ 来年は新しい運営体制で東京で実施する予定です。では来年! NGS現場の会:  http://ngs-field.org/

DNAをPCR法で増幅するために必要なサーマルサイクラーを自作してみました。自作と言っても、いわゆる、PCの自作と同じでパーツを組み立てていく感じです。購入から組み立ての様子を簡単に紹介します。 モチベーション ラボには様々なレクリエーションがあります。例えば、単にどこかに遊びに行ったり、スポーツ大会したり、ひたすら合宿形式でプログレスのプレゼンをするミーティングするなどがあります。それもよいのですが、せっかくなので、普段の研究時間ではトライできないが、研究に関わる hack を行う、というイベントを企画してみました。夏休みの自由研究や社会科見学的なノリです。   うちのラボでは、PCRを使ったウェットの実験技術の開発をしてきました。しかし、サーマルサイクラーのハードウェアの仕組みを体験的に理解している訳ではありません。そこで、サーマルサイクラーを作ってみました。   欧米で始まっている、自宅のガレージやキッチンでバイオロジーを行うムーブメント、バイオパンク、DIYbio を体験しておきたいというのもありますし、Arduino などオープンハードウェア、Maker のムーブメントを体験するのも目的の一つです。ハードウェア開発が思っているほどハードルが下っていることを体験できて、かつ、将来、ウェットの開発だけでなく、装置開発などもできたら、ラッキー、ぐらいの気持ちでやってみました。   購入 今回作ったのは、組み立て式で、かつ、仕様などや設計図が公開されているOpenPCRというサーマルサイクラーです。ハードウェアの仕様・設計図、制御ソフトウェアなどの情報がすべて公開されており、部品からも自作することが可能です。今回は、「設計図から部品や回路のパーツを作り、それらを組み立てる直前のもの」を購入しました。   ChaiBio https://www.chaibio.com/   OpenPCR https://www.chaibio.com/products/openpcr   なぜか http://openpcr.org/  で購入できなかったので、eBay にある ChaiBio で買いました。   OpenPCR - eBay http://www.ebay.com/itm/111096418574   本体価格は ...

はじめに 新しい高精度な1細胞RNA-Seq, Quartz-Seq論文を出してから、各方面から多く相談を受けています。 Sasagawa Y and Nikaido I, et. al .  Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA-Seq reveals non-genetic gene expression heterogeneity . Genome Biology. 14. 2013  そこで、新しく1細胞RNA-Seqを始める方へ、僕達が理想だと考えている技術導入の手順を紹介したいと思います。また我々の方法は1細胞(6-14 pg Total RNA)だけでなく pg-ng オーダーの少量RNAからシーケンスが可能です。そのような方も以下の手順が参考になると思います。 0. 1細胞/微量RNA-Seqが本当に必要なのか検討する 1細胞/微量RNA-Seqでは、現時点でQuartz-Seqが世界最高の性能を持っている訳ですが、十分なサンプルを用意し、通常のRNA-Seqしたほうが、より精度の高いデータが得られます。なので、基本的には、サンプルをたくさん集める方法をしっかり検討すべきです。まずは、戦略面と技術面で1細胞/微量RNA-Seqが本当に必要かを検討する基準について書きます。 0.1. 戦略面での検討 あなたが抱えているプロジェクトが、1細胞/微量RNA-Seqでなければアプローチできないかどうかを問い直すことが重要です。 基本的には以下の2つの状況で、1細胞/微量RNA-Seqが役に立ちます。 a. 細胞状態が連続的に変化し、さまざまな細胞状態が、細胞集団に含まれている場合 (振動現象、ゆらぎなど) b. 細胞状態を特定するマーカーがほどんどわかっていない場合 最初から細胞状態が2状態しかないことが明らかで、しかも細胞状態を代表する遺伝子が分かっている、という状況では、FACSなどで cell sorting し、目的の細胞を採取することを考えるべきです。そして、微量RNA-Seqや通常のRNA-Seqで、しっかりと biological replication...

ひさびさのブログ更新です。明日は年度の始めで忙しそうなので、今日書いておきます。 2013/03/31をもちまして理研CDBを退職しました。4/1からは埼玉県和光市にある、理研本所の情報基盤センターにて、バイオインフォマティクス研究開発ユニットという研究室をユニットリーダーとして主宰することになりました。 DNAシーケンスのデータ解析の手法、ソフトウェア、そして実験技術の開発を中心に研究を進めつつ、理研内外の実験生物学者と共同で生命科学の問題を解いていきます。また理研のバイオインフォマティクスをどのように支え、発展させていくかを考えることも求められています。みなさまのお力をお借りすることもあるかと思いますので、これからもどうぞよろしくお願い致します。 ラボの公式ウェブサイトは以下にあります。 独立行政法人 理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット

R には CRAN というパッケージ集がありますが、ライフサエンス分野専門のパッケージ集に Bioconductor というものがあります。Core developer team のメンバーは、Rの core developer team と一部メンバーが被っています。 Bioconductor は CRAN と比較すると、詳細なコードレビュー/ドキュメンテーション(もちろん英語の)が必要など、わりと厳しめの採択基準があります。これまで、日本人でBioCに採択された人がいなく情報があまりませんでした。このたび、 BrainStars for R というパッケージが Bioconductor 2.10 に採択され公開されました。その顛末を公開して、日本のすぐれたプログラムが Bioconductor に採択されることをエンカレッジできればと思います。 開発 このあたりは、BioCの パッケージガイドライン と サブミットガイドライン を読むと一通り書いてあります。またパッケージングについては、以前のエントリを参照ください。 -  R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2) -  R5 reference class 編: R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2) 上のリンクで書かれていないことでBioCでポイントとなるのは、コーディングだけじゃなくて、すべての関数に対する Rd で書かれたマニュアルと、パッケージの使い方が書いた vignette というドキュメントが必要になることです。マニュアルには、動作するサンプルコードが必要になります。vignette には、パッケージの背景や、チュートリアル形式でその使い方を英語で書く必要があります。この文章は Sweave 形式で書く必要があり、TeX, Sweave の知識が必要になります。vignette のなかにも動作するサンプルコードが必要になります。 マニュアル、vignette のコードが動作しない場合、正常にパッケージングできないので、BioC のパッケージは必然的にドキュメントの質が高くなります。これは作り手にとっては大変ですが、ユーザにとっては助かります...